宏转录组监测揭示了中国南方小型哺乳动物中被忽视的肝脏相关寄生虫多样性及其广泛的宿主范围

小型哺乳动物内脏器官中的寄生虫群落仍缺乏充分表征，这是因为宏转录组病原体发现研究在很大程度上聚焦于病毒和细菌。我们对采自中国广东省14个城市的351只小型哺乳动物分别进行了肝脏转录组测序，并结合基于序列的检测以及系统发育、丰度、转录和形态学分析。共在148只动物（42.2%）中检测到寄生虫。研究鉴定出4类与肝脏相关的分类群，其中包括3个推定为新颖或高度分化的谱系。毛形科寄生虫1（Trichinellidae sp1）在群落中占主导地位，检出率为36.2%（127/351），分布于横跨啮齿目和鼩形目（Eulipotyphla）的5个宿主物种中，并见于所有调查城市。泡状带绦虫（Hydatigera taeniaeformis）的检出率为3.7%（13/351），其鉴定结果得到了肝囊肿和形态学回收的囊尾蚴的支持。真球虫目寄生虫1（Eucoccidiorida sp1）和锥虫1（Trypanosoma sp1）呈散发性检出。将序列比对至现有参考基因组后发现，多个基因及功能类别均存在转录本，从而支持这些信号源于真实的生物学过程，而非孤立的标记基因匹配。阿姆斯特丹病毒与毛形科寄生虫1呈协同变化（r = 0.59），而温州绦虫病毒1与泡状带绦虫呈协同变化（r = 0.47）。这些发现揭示了一个出乎意料地高流行率、系统发育多样且分布广泛的肝脏相关寄生虫群落，并确立了个体器官宏转录组学在寄生虫发现与监测中的实用框架。

小型哺乳动物内脏器官中的寄生虫群落仍缺乏充分表征，这是因为宏转录组病原体发现研究主要集中于病毒和细菌。我们对采自中国广东省14座城市的351只小型哺乳动物分别进行了肝脏转录组测序，并结合基于序列的检测以及系统发育、丰度、转录和形态学分析。共在148只动物中检测到寄生虫（42.2%）。研究鉴定出4类与肝脏相关的分类群，其中3类可能为新颖或高度分化的谱系。Trichinellidae sp1在群落中占主导地位，检出于36.2%的动物（127/351）、横跨啮齿目和猬形目在内的5个宿主物种，以及所有调查城市。Hydatigera taeniaeformis的检出率为3.7%（13/351），其鉴定结果得到了肝囊肿和形态学恢复的泡状囊尾蚴的支持。Eucoccidiorida sp1和Trypanosoma sp1则呈零星分布。将序列比对至现有参考基因组后发现，其转录本来源涉及多个基因和功能类别，表明这些信号是真实的生物学信号，而非孤立的标记基因匹配。Amsterdam virus与Trichinellidae sp1呈协同变化（r = 0.59），而Wenzhou tapeworm virus 1与H. taeniaeformis呈协同变化（r = 0.47）。这些发现揭示了一个出乎意料地高流行率高、系统发育多样且分布广泛的肝脏相关寄生虫群落，并确立了个体器官宏转录组学作为寄生虫发现与监测的有用框架。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.12.751130v1?rss=1

🏷️ 宏转录组学 寄生虫多样性 肝脏寄生虫 宿主范围 系统发育分析