Guide RNA截短：一种可调控碱基编辑结果的方法

碱基编辑能够实现可编程的核苷酸转换，但可能受到旁观者编辑和非预期基因组改变的限制。在本研究中，我们探讨了截短向导RNA（gRNA）作为调控碱基编辑结果的一种策略。在HUDEP-2细胞中，利用ABE8e对多个基因组位点进行编辑时，我们发现，截短gRNA在长度短至15个核苷酸时仍保留可测量的编辑活性，但其活性高度依赖于靶序列、gRNA长度和递送方式。重要的是，截短会改变编辑窗口内各个核苷酸的编辑效率，从而在多个位点实现选择性降低旁观者编辑，同时保留对靶核苷酸的转换，包括具有治疗相关性的HbE靶点。截短gRNA还消除了同源珠蛋白基因座处可检测到的大缺失，这与较短gRNA导致Cas9切口酶活性丧失的结果一致。在胞嘧啶碱基编辑、PAM放宽型ABE8e以及原代造血干细胞和祖细胞（HSPCs）中，也观察到了类似的长度依赖性效应，但最佳gRNA长度因具体情境而异。综上，这些研究结果表明，gRNA长度可作为调节核苷酸水平碱基编辑结果并减少旁观者编辑的另一参数。

碱基编辑能够实现可编程的核苷酸转换，但可能受到旁观者编辑和非预期基因组改变的限制。在本研究中，我们探讨了截短向导RNA（gRNA）作为调控碱基编辑结果的一种策略。利用ABE8e在HUDEP-2细胞中针对多个基因组位点进行编辑时，我们发现，截短gRNA即使长度短至15个核苷酸，仍保留可测量的编辑活性，但其活性在很大程度上取决于靶序列、gRNA长度和递送方式。值得注意的是，截短处理改变了编辑窗口内各个核苷酸的编辑效率，从而能够在保留多个位点目标转换的同时选择性降低旁观者编辑，其中包括具有治疗相关性的HbE靶点。在同源珠蛋白基因位点，截短gRNA还消除了可检测到的大规模缺失，这与短gRNA长度导致Cas9切口酶活性丧失的结果一致。在胞嘧啶碱基编辑、PAM兼容性扩展的ABE8e以及原代造血干细胞和祖细胞（HSPCs）中，也观察到了类似的长度依赖性效应，不过最佳gRNA长度因具体情境而异。综上，这些研究结果表明，gRNA长度是调节核苷酸水平碱基编辑结果并减少旁观者编辑的一个额外参数。

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🏷️ 碱基编辑 截短向导RNA 旁观者编辑 CRISPR基因编辑 造血干细胞与祖细胞