AlphaPeptTools：基于质谱的蛋白质组学的 scverse 原生分析

基于质谱（MS）的蛋白质组学如今已能够常规地对大规模蛋白质组进行分析，但从中提取生物学洞见并整合互补模态仍然具有挑战性。在此，我们提出 AlphaPeptTools，这是一个用于分析质谱蛋白质组学数据的 Python 软件包，构建于 scverse 的 AnnData 数据结构之上。AlphaPeptTools 实现了可扩展且模块化的质谱数据导入、质量控制、预处理和统计分析策略，同时能够与 scverse 生态系统无缝集成，从而支持多层次、空间和多模态分析。

基于质谱（MS）的蛋白质组学如今已能够常规地大规模描绘蛋白质组，但如何提取生物学意义并整合互补模态仍然具有挑战性。在此，我们介绍了 AlphaPeptTools，这是一个基于 scverse 的 AnnData 数据结构、用于分析质谱蛋白质组学数据的 Python 软件包。AlphaPeptTools 实现了可扩展且模块化的质谱数据导入、质量控制、预处理和统计分析策略，同时能够与 scverse 生态系统无缝集成，从而支持多层次、空间和多模态分析。

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