马来西亚半岛石灰岩生境与非石灰岩生境秋海棠的比较系统发育分析

东南亚喀斯特地貌覆盖约400,000 km²，其中热带石灰岩喀斯特拥有高度多样化的植物区系，分布于众多各具特色的微生境中，这些微生境不同于低地森林和丘陵森林。秋海棠属（Begonia L.）是一个泛热带巨型属，目前已描述约1,550个物种，非常适合用于研究热带种群多样性与物种形成的进化模式及其驱动因素。秋海棠可生长于多种基质上，包括石灰岩、花岗岩、砂岩和石英岩，也可见于原始森林中的陡峭土质坡地及溪流附近。生态位分化现象十分普遍，因此，尤其是在石灰岩喀斯特地区，形成了许多单一地点特有的秋海棠物种。研究基于联合叶绿体 ndhF-rpl32 与核内转录间隔区 ITS 序列开展分子系统发育分析，样本包括来自马来半岛（Pen. Msia）的30个代表性秋海棠物种，涵盖所有组（section），其中包括10个石灰岩物种、13个森林物种和7个花岗岩物种。贝叶斯推断与分子定年结果表明，秋海棠属约于1065万年前（9.7—12.12百万年前）的中新世中晚期，由亚洲大陆扩散至马来半岛；至少发生了两次独立的扩散事件，其证据是祖先谱系在早期分别于985万年前（HPD：9.7—10.36百万年前）和885万年前（HPD：7.7—11.23百万年前）分裂为两个主要支系，即支系A和支系B；随后又发生了多次物种形成事件，使其定殖于石灰岩及非石灰岩生境（森林、花岗岩）。秋海棠向石灰岩生境的物种形成共发生了三次；气候被认为是比基质更重要的多样化因素——支系A包括印度/亚洲大陆地区（季风气候）的物种，即 Platycentrum 组和 Parvibegonia 组，其分化时间略早于支系B；在支系B中，Petermannia 组、Jackia 组和 Ridleyella 组构成了一个以巽他陆架（赤道气候）为中心的类群。无论分布范围如何，研究同样观察到秋海棠属中常见的显著地域种群结构（例如 B. kingiana、B. foxworthyi、B. nurii 和 B. sinuata）。然而，对于分布广泛的物种（B. kingiana、B. sinuata）而言，生态位演化中的行为（生理）惯性，和/或基因组大小的变异与动态（基因组进化），可能有助于解释其物种凝聚性。除 Parvibegonia 组、Diploclinium 组以及两个并系物种复合群外，系统发育关系总体上与现行的组级分类相一致。由于持续存在的威胁（大规模采石/采矿以及人类侵占），马来西亚秋海棠属植物及其生物多样性丰富的石灰岩喀斯特地貌的保护状况仍令人担忧，而且其中大多数至今尚未获得任何法律保护。

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Ruth Kiew

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LIAN CHEE FOONG

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Sheh May Tam

doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.10.750513

Ruth Kiew 1 马来西亚森林研究院（FRIM），52109 Kepong，Selangor，马来西亚； 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。

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发表于 2026 年 9 月 13 日。

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2026.09.10.750513；

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2026.09.10.750513；

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https://doi.org/10.64898/2026.09.10.750513

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.10.750513v1?rss=1

🏷️ 秋海棠属 分子系统发育 石灰岩生境 物种形成 马来半岛 生态位分化