SpaCoEx：空间转录组学中空间变异共表达的稀疏基因选择

空间转录组学能够在保留组织空间位置信息的同时测量基因表达，但现有大多数分析主要关注单个基因的空间变异或由表达定义的区域。在此，我们提出 SpaCoEx，一种稀疏空间表示框架，将基因表达水平与空间变化的基因-基因共表达相整合。SpaCoEx 首先根据相邻空间点估计局部共表达矩阵，将其映射至对数欧几里得表示空间，并通过保留或移除与每个基因对应的完整行和列来进行结构化基因筛选。随后，利用筛选出的基因构建表达水平特征和局部共表达特征，并通过一种加权联合表示将二者结合，用于下游空间分析。 我们将 SpaCoEx 应用于人皮肤鳞状细胞癌以及经注释的人乳腺癌空间转录组数据集。在皮肤鳞状细胞癌数据集中，SpaCoEx 从45个与角质形成细胞相关的基因中筛选出29个，同时保留了96.74%的空间共表达变异。在乳腺癌数据集中，SpaCoEx 识别出 B2M 与 HLA-C 之间具有空间变化的共表达关系；这是一对具有生物学意义的主要组织相容性复合体（MHC）I类抗原呈递基因。在癌症相关区域中，二者的局部相关性显著高于非癌症区域（均值差 = 0.30，经过空间调整的标准误 = 0.045，P

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SpaCoEx：空间转录组学中空间变化共表达的稀疏基因选择

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Michale Jian 、 Shaojun Pei 、 Gil Alterovitz

doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.05.749559

Michale Jian 1 MIT PRIMES；

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发布于 2026 年 9 月 12 日。

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Michale Jian 、 Shaojun Pei 、 Gil Alterovitz

bioRxiv 2026.09.05.749559； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.05.749559

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Michale Jian 、 Shaojun Pei 、 Gil Alterovitz

bioRxiv 2026.09.05.749559； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.05.749559

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🏷️ 空间转录组学 基因共表达分析 稀疏基因选择 空间变异基因 癌症组织微环境