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基于成像的转录组学方法能够对多种组织中的细胞类型和细胞状态进行界定、发现和绘制。然而，测量质量取决于 RNA 的完整性，而现代组织保存技术体系的设计初衷并非保护这一高度易变的分子。在此，我们利用 MERFISH 证明，不同组织内源性 RNase 活性的差异会影响不同保存方法下空间转录组学数据的质量；同时，依据 RNase 活性优化实验方案能够提高数据质量。与此同时，我们提出了一种具有 RNA 保护意识的泛组织保存方法——核酸酶快速抑制与永久失活（Rapid Inhibition and Permanent Inactivation of Nucleases，RIPIN）。该方法利用广谱 RNase 抑制剂快速稳定样本，同时允许通过化学方式缓慢实现核酸酶失活。RIPIN 能够在所有经分析的人和小鼠组织中获得高质量的 MERFISH 测量结果，与临床工作流程兼容，并且易于整合至冷冻切片或石蜡切片流程中。通过揭示 RNA 完整性如何在组织处理过程中丧失，本研究或将启发下一代具有 RNA 保护意识的组织学方法。
基于成像的转录组学方法能够定义、发现并绘制多种组织中的细胞类型和细胞状态。然而，测量质量取决于 RNA 的完整性，而现代组织保存工具箱的设计初衷并非保护这种高度易降解的分子。在本研究中，我们利用 MERFISH 发现，不同组织之间内源性 RNase 活性的差异会影响不同保存方法的空间转录组学数据质量；同时，基于 RNase 活性对实验方案进行优化能够提高数据质量。与此同时，我们提出了一种具有 RNA 适应性的泛组织保存方法——核酸酶的快速抑制与永久失活（Rapid Inhibition and Permanent Inactivation of Nucleases，RIPIN）。该方法利用广谱 RNase 抑制剂快速稳定样本，同时允许通过化学方式缓慢实现核酸酶失活。RIPIN 能够在所有已分析的人和小鼠组织中获得高质量的 MERFISH 测量结果，与临床工作流程兼容，并且易于与冷冻切片或石蜡切片技术整合。通过揭示组织处理过程中 RNA 完整性可能遭受损失的机制，本研究或将推动下一代 RNA 适应性组织学方法的发展。
J.R.M. 是 Vizgen, Inc. 的联合创始人、利益相关者及顾问。J.R.M. 是与 MERFISH 相关专利的发明人之一，这些专利由哈佛大学和波士顿儿童医院代表其申请。C.A.R-L.、P.C.、H.Z. 和 J.R.M. 是与 RIPIN 方法相关专利的发明人，这些专利由波士顿儿童医院代表其申请。波士顿儿童医院已依据其利益冲突政策对 J.R.M. 的相关利益进行审查和管理。
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📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.07.749899v1?rss=1
🏷️ 空间转录组学 RNA完整性 组织保存 RNase抑制 MERFISH