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应激颗粒（stress granules，SGs）是细胞在多种应激因素作用下形成的动态、无膜细胞质凝聚体。尽管已有研究提出，SGs可通过选择性隔离蛋白质和RNA来调节应激反应，但其确切的分子组成与功能仍不明确。由于方法学差异，尤其是差异离心（differential centrifugation，DC）与邻近标记（proximity labeling，PL）之间的差异，已有报道的SG转录组存在显著不同。在本研究中，我们重新分析了公开可获得的人类SG转录组数据，涵盖多种应激因素、细胞类型及分离策略。基于DC获得的转录组特征受到RNA长度的显著影响，这与沉降分离所固有的物理偏倚一致。校正这一影响后，不同研究之间的一致性较为有限。尽管如此，线粒体编码RNA始终表现为一类具有独特调控特征的转录本，其在不同数据集中的富集或耗竭方向并不一致，但在我们的SG共识特征中仍呈现出幅度较小但具有统计学意义的富集。免疫荧光实验进一步支持了应激条件下SG隔离线粒体双链RNA的可能性，但尚不足以对此作出 definitive 的证明。鉴于线粒体核酸泄漏是一种与炎症相关、特征明确的损伤相关分子模式，将其隔离于SG中可能表明SG在调节免疫相关应激反应方面发挥潜在作用。这些发现深化了我们对SG组成的认识，强调了在SG分离过程中控制技术伪影的必要性，并为在SG研究中区分真实生物学信号与方法学噪声提供了框架。
应激颗粒（stress granules，SGs）是响应多种细胞应激因素而形成的动态、无膜细胞质凝聚体。尽管已有研究提出，SGs可通过选择性隔离蛋白质和RNA来调节应激反应，但其确切的分子组成和功能仍不明确。由于方法学差异，尤其是差异离心（differential centrifugation，DC）与邻近标记（proximity labeling，PL）方法之间的差异，已报道的SG转录组存在显著差异。在本研究中，我们重新分析了公开获取的人类SG转录组数据，涵盖多种应激因素、细胞类型和分离策略。基于DC获得的转录组谱受到RNA长度的显著影响，这与沉降分离过程固有的物理偏倚一致。校正这一影响后，不同研究之间显示出有限的一致性。尽管如此，线粒体编码RNA仍持续表现为一个受到独特调控的转录本类别，但其在不同数据集中的富集或耗竭方向并不一致；在我们的共识SG特征中，该类别呈现出幅度 modest 但具有统计学显著性的富集。免疫荧光实验进一步支持了应激条件下SGs隔离线粒体双链RNA（dsRNA）的可能性，但尚不足以对此作出确证。由于线粒体核酸泄漏是一种与炎症相关、特征明确的损伤相关分子模式，因此，线粒体核酸被隔离于SGs中提示，SGs可能在调节免疫相关应激反应中发挥作用。这些发现深化了我们对SG组成的认识，强调了在SG分离过程中控制技术伪影的必要性，并为在SG研究中区分真实生物学信号与方法学噪声提供了一个框架。
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📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.08.749846v1?rss=1
🏷️ 应激颗粒 线粒体RNA 转录组学 邻近标记 方法学偏倚 免疫应激反应