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Orsay病毒（OrV）是一种感染秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans）的正义链RNA病毒，可建立对宿主适合度影响较小的潜伏感染。通过在涵盖幼虫发育过程的12个时间点开展链特异性RNA测序，我们刻画了OrV的复制动态及其短期进化模式。病毒累积呈现四个 distinct phases，并表现出显著的链不对称性，这与压印机式复制机制占主导地位的情况一致。多样性分析显示，负链基因组携带的突变多于正链，且突变热点集中于复制酶C端尾部和结构蛋白区域。许多负链变异未能传播至正链，这提示其可能受到细胞内限制，或在RNA水平上受到净化选择。我们还首次发现了OrV中的非标准病毒基因组，其主要表现为RNA2中的缺失，包括一个反复出现的大缺失；该缺失可能作为亚基因组RNA发挥作用，编码较短版本的δ蛋白。这些发现表明，复制不对称性、链特异性突变过滤以及广泛存在的非标准基因组，是塑造OrV在初次感染期间进化的重要特征。
隐藏的多样性：复制链不对称性塑造 RNA 病毒的短期核苷酸与结构变异 | bioRxiv
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# 隐藏的多样性：复制链不对称性塑造 RNA 病毒的短期核苷酸与结构变异
查看 ORCID 个人资料 María J. Olmo-Uceda
， 查看 ORCID 个人资料 Dominik Herek
， 查看 ORCID 个人资料 Victoria G. Castiglioni
， 查看 ORCID 个人资料 Santiago F. Elena
doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.04.749430
María J. Olmo-Uceda I2SysBio-CSIC 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站中搜索该作者 María J. Olmo-Uceda 的 ORCID 记录
Dominik Herek I2SysBio-CSIC 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站中搜索该作者 Dominik Herek 的 ORCID 记录
Victoria G. Castiglioni I2SysBio-CSIC 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站中搜索该作者 Victoria G. Castiglioni 的 ORCID 记录
Santiago F. Elena I2SysBio-CSIC 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站中搜索该作者 Santiago F. Elena 的 ORCID 记录
通讯作者： santiago.elena{at}csic.es
## 摘要
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## 摘要
奥赛病毒（Orsay virus，OrV）是一种感染秀丽隐杆线虫（*Caenorhabditis elegans*）的正义链 RNA 病毒，能够建立对宿主适合度影响极小的潜伏性感染。我们利用跨越幼虫发育过程的 12 个时间点开展链特异性 RNA 测序，刻画了 OrV 的复制动力学及其短期进化模式。病毒积累经历了四个不同阶段，并表现出显著的链不对称性，这与压印机式复制机制占主导地位的情况相一致。多样性分析显示，负链基因组所携带的突变多于正链，且突变热点集中于复制酶 C 端尾部和结构蛋白区域。许多负链变异未能传播至正链，这提示其可能受到细胞内限制，或在 RNA 水平上受到净化选择。我们还首次报告了 OrV 中存在非标准病毒基因组；这些基因组主要表现为 RNA2 中的缺失，其中包括一个反复出现的大型缺失，该缺失可能作为一种亚基因组 RNA，编码 δ 蛋白的较短版本。这些发现凸显出，复制不对称性、链特异性的突变过滤以及广泛存在的非标准基因组，是塑造 OrV 在初次感染期间进化的关键特征。
## 利益冲突声明
## 脚注
https://github.com/MJmaolu/short-term-OrV-accumulation-and-diversificat…
## 资助信息声明
国家研究署，PID2025-169610NB-I00，PREP2022-000699
瓦伦西亚自治区政府文化、教育与科学部，CIPROM/2022/59
欧洲委员会，MSCA 2024-PF-01-101207897
## 版权
本预印本的。
该预印本根据 CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可协议提供。
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发布于 2026 年 9 月 9 日。
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María J. Olmo-Uceda
， Dominik Herek
， Victoria G. Castiglioni
， Santiago F. Elena
bioRxiv 2026.09.04.749430； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.04.749430
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《隐藏的多样性：复制链不对称性塑造 RNA 病毒的短期核苷酸与结构变异》
María J. Olmo-Uceda
， Dominik Herek
， Victoria G. Castiglioni
， Santiago F. Elena
bioRxiv 2026.09.04.749430； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.04.749430
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.04.749430v1?rss=1
🏷️ Orsay病毒 RNA病毒复制 链不对称性 病毒基因组变异 非标准病毒基因组