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福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肿瘤组织常存在RNA降解问题，长期以来一直对可靠的转录组分析构成挑战。在此，我们提出了FFPERescuer——一种采用无监督领域适应的深度学习框架，用于校正失真的基因表达数据。FFPERescuer由一个部分编码器和一个解码器组成：部分编码器将一小部分基因映射为高层次表征，解码器则用于重建完整的基因表达谱。在不同噪声水平的模拟数据上，FFPERescuer能够准确恢复基因表达谱，与真实值相比获得了较高的Pearson相关系数（PCC > 0.85）。在新鲜冷冻（FF）-FFPE配对队列中，FFPERescuer显著提高了表达谱的一致性，平均PCC提高了23%（PFFPERescuer：用于重建来源于福尔马林固定石蜡包埋样本的基因表达谱的深度无监督域适应 | bioRxiv
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FFPERescuer：用于重建来源于福尔马林固定石蜡包埋样本的基因表达谱的深度无监督域适应
lingli He Kai Song Ying Li Yujuan Dong Cherry Y N Wong Lin Qi Xianrui Zhang Kristiaan Lenos Tim de Back Clara Elbers Chenchen Xu Royce Man Hin Leung Renfu Deng Yinghan Zhang Sitan Qiao Feng Gao Yufeng Chen Simon Siu-Man Ng Shentao Zhou Louis Vermeulen Xin Wang
doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.02.748790
lingli He 1 香港中文大学外科学系，中国香港特别行政区沙田；
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Kai Song 1 香港中文大学外科学系，中国香港特别行政区沙田；
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Ying Li 1 香港中文大学外科学系，中国香港特别行政区沙田；
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Yujuan Dong 1 香港中文大学外科学系，中国香港特别行政区沙田；
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Cherry Y N Wong 1 香港中文大学外科学系，中国香港特别行政区沙田；
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Lin Qi 1 香港中文大学外科学系，中国香港特别行政区沙田；
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Xianrui Zhang 1 香港中文大学外科学系，中国香港特别行政区沙田；
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Kristiaan Lenos 2 实验肿瘤学与放射生物学实验室，实验与分子医学中心，阿姆斯特丹癌症中心，阿姆斯特丹胃肠病学、内分泌学与代谢中心，阿姆斯特丹大学医学中心，荷兰阿姆斯特丹；
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Tim de Back 2 实验肿瘤学与放射生物学实验室，实验与分子医学中心，阿姆斯特丹癌症中心，阿姆斯特丹胃肠病学、内分泌学与代谢中心，阿姆斯特丹大学医学中心，荷兰阿姆斯特丹；
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Clara Elbers 2 实验肿瘤学与放射生物学实验室，实验与分子医学中心，阿姆斯特丹癌症中心，阿姆斯特丹胃肠病学、内分泌学与代谢中心，阿姆斯特丹大学医学中心，荷兰阿姆斯特丹；
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Chenchen Xu 1 香港中文大学外科学系，中国香港特别行政区沙田；
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Royce Man Hin Leung 1 香港中文大学外科学系，中国香港特别行政区沙田；
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Renfu Deng 1 香港中文大学外科学系，中国香港特别行政区沙田；
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Yinghan Zhang 1 香港中文大学外科学系，中国香港特别行政区沙田；
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Sitan Qiao 1 香港中文大学外科学系，中国香港特别行政区沙田；
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Feng Gao 3 中山大学附属第六医院普通外科（结直肠外科），中国广州；
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Yufeng Chen 3 中山大学附属第六医院普通外科（结直肠外科），中国广州；
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Simon Siu-Man Ng 1 香港中文大学外科学系，中国香港特别行政区沙田；
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Shentao Zhou 4 妇产科学系，教育部妇女与儿童出生缺陷及相关疾病重点实验室，生物治疗国家重点实验室，四川大学华西第二医院及协同创新中心，中国成都，Ch
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Louis Vermeulen 2 实验肿瘤学与放射生物学实验室，实验与分子医学中心，阿姆斯特丹癌症中心，阿姆斯特丹胃肠病学、内分泌学与代谢中心，阿姆斯特丹大学医学中心，荷兰阿姆斯特丹；
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Xin Wang 1 香港中文大学外科学系，中国香港特别行政区沙田；
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通讯作者：
xwang{at}surgery.cuhk.edu.hk
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福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肿瘤组织通常会发生 RNA 降解，这对可靠的转录组分析构成了长期挑战。在此，我们提出 FFPERescuer，这是一种采用无监督域适应的深度学习框架，用于校正失真的基因表达数据。FFPERescuer 由部分编码器和解码器组成：部分编码器将一小部分基因映射为高层次表征，解码器则用于重建完整的基因表达谱。在具有不同噪声水平的模拟数据上，FFPERescuer 能够忠实地恢复基因表达谱，与真实值之间实现较高的 Pearson 相关系数（PCC > 0.85）。在 FF-FFPE 配对队列中，FFPERescuer 显著提高了表达谱的一致性，平均 PCC 提高了 23%（P
利益冲突声明
已声明的基金信息
深圳市医学研究基金 ，C2303002 ，4937084
香港中文大学 ，4937084 ，2024.175 ，FPFS/24-25/053 ，FPFS/23-24/061C ，FPFS/23-24/060
香港中文大学研究委员会 ，WW/rc/grs2223/0560/23en
研究资助局 ，AoE/M-401/20 ，R4007-23 ，C4024-22GF ，14104223 ，11103921 ，14111522
卫生与医学研究基金 ，08192166
江西省海外高层次人才项目 ，20232BCJ25029
版权
本预印本的。
本预印本依据 CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可协议提供。
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发布于 2026 年 9 月 8 日。
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lingli He Kai Song Ying Li Yujuan Dong Cherry Y N Wong Lin Qi Xianrui Zhang Kristiaan Lenos Tim de Back Clara Elbers Chenchen Xu Royce Man Hin Leung Renfu Deng Yinghan Zhang Sitan Qiao Feng Gao Yufeng Chen Simon Siu-Man Ng Shentao Zhou Louis Vermeulen Xin Wang
bioRxiv 2026.09.02.748790； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.02.748790
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FFPERescuer：用于重建来源于福尔马林固定石蜡包埋样本的基因表达谱的深度无监督域适应
lingli He Kai Song Ying Li Yujuan Dong Cherry Y N Wong Lin Qi Xianrui Zhang Kristiaan Lenos Tim de Back Clara Elbers Chenchen Xu Royce Man Hin Leung Renfu Deng Yinghan Zhang Sitan Qiao Feng Gao Yufeng Chen Simon Siu-Man Ng Shentao Zhou Louis Vermeulen Xin Wang
bioRxiv 2026.09.02.748790； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.02.748790
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.02.748790v1?rss=1
🏷️ FFPE样本 基因表达谱重建 深度无监督域适应 转录组分析 肿瘤分型