NANOCUTSIGHT：一种评估不同细胞群体基因组编辑效率的纳米孔测序方法与分析流程

基因组编辑彻底改变了生物医学科学，如今已成为通过遗传互作和功能缺失研究解析分子通路的必备工具。借助其多种技术变体，研究人员不仅能够生成特异性基因敲除的细胞系或生物体，还可以对内源性基因区域进行编辑。尽管目前已有高通量方法用于绘制CRISPR/Cas9介导的遗传修饰图谱，但对细胞群体中导RNA编辑效率的验证，通常仍是通过蛋白质印迹分析靶基因产物，或利用TIDE或ICE分析对Sanger测序色谱图进行解卷积来完成。在此，我们介绍了一种快速的纳米孔测序流程，并将其命名为NanoCutSight，用于定量特定基因组位点处插入缺失（indel）的比例，并鉴定所产生修饰的类型。我们还在多种导RNA以及培养细胞和类器官模型中对该方法进行了基准评估。我们相信，NanoCutSight将简化复杂样本的编辑分析，并实现对编辑样本的快速筛选。

NANOCUTSIGHT：一种用于评估不同细胞群体中基因组编辑效率的纳米孔测序方法与分析流程 | bioRxiv

跳转至主要内容

主页

关于

投稿

提醒 / RSS

搜索此关键词

高级搜索

最新结果

NANOCUTSIGHT：一种用于评估不同细胞群体中基因组编辑效率的纳米孔测序方法与分析流程

Danny Bergeron，

Véronique Gaudreault，

Maxime Duval，

Sonya Nassari，

François Boudreau，

Mathieu Durand，

查看 ORCID 资料

Karine Choquet，

查看 ORCID 资料

Steve Jean

doi：

https://doi.org/10.64898/2026.09.03.748616

Danny Bergeron

舍布鲁克大学

在 Google Scholar 中查找该作者

在 PubMed 中查找该作者

在本网站搜索该作者

Véronique Gaudreault

舍布鲁克大学

在 Google Scholar 中查找该作者

在 PubMed 中查找该作者

在本网站搜索该作者

Maxime Duval

舍布鲁克大学

在 Google Scholar 中查找该作者

在 PubMed 中查找该作者

在本网站搜索该作者

Sonya Nassari

舍布鲁克大学

在 Google Scholar 中查找该作者

在 PubMed 中查找该作者

在本网站搜索该作者

François Boudreau

舍布鲁克大学

在 Google Scholar 中查找该作者

在 PubMed 中查找该作者

在本网站搜索该作者

Mathieu Durand

舍布鲁克大学

在 Google Scholar 中查找该作者

在 PubMed 中查找该作者

在本网站搜索该作者

Karine Choquet

舍布鲁克大学

在 Google Scholar 中查找该作者

在 PubMed 中查找该作者

在本网站搜索该作者

Karine Choquet 的 ORCID 记录

Steve Jean

舍布鲁克大学

在 Google Scholar 中查找该作者

在 PubMed 中查找该作者

在本网站搜索该作者

Steve Jean 的 ORCID 记录

通讯作者：

steve.jean{at}usherbrooke.ca

摘要

信息/历史

指标

补充材料

预览 PDF

摘要

基因组编辑彻底改变了生物医学科学，如今已成为通过遗传互作和功能缺失研究解析分子通路的重要工具。通过其多种形式，基因组编辑能够生成特异性敲除细胞系或生物体，并创建内源性编辑的基因区域。尽管目前已有高通量方法用于绘制 CRISPR/Cas9 基因修饰图谱，但细胞群体中引导序列效率的验证通常是通过蛋白质印迹分析靶基因产物，或利用 TIDE 或 ICE 分析对 Sanger 测序色谱图进行解卷积来完成的。在此，我们介绍一种快速的纳米孔测序流程，并将其命名为 NanoCutSight，用于定量特定基因组位点处插入缺失（indel）的比例，并识别所产生修饰的类型。我们还在多种引导 RNA 以及培养细胞和类器官模型中对该方法进行了基准评估。我们认为，NanoCutSight 将简化复杂样本的编辑分析，并实现对编辑样本的快速筛选。

利益冲突声明

基金资助信息声明

加拿大自然科学与工程研究委员会，04876

版权

本预印本的。

该内容依据 CC-BY-ND 4.0 国际许可协议提供。

返回顶部

上一篇

发布于 2026 年 9 月 8 日。

下载 PDF

补充材料

电子邮件

感谢您有兴趣传播 bioRxiv 上的内容。

您的电子邮件地址

*

您的姓名

*

发送至

*

请输入多个地址，每行一个，或使用逗号分隔。

您将要发送以下内容：

NANOCUTSIGHT：一种用于评估不同细胞群体中基因组编辑效率的纳米孔测序方法与分析流程

邮件主题

（您的姓名）已从 bioRxiv 向您转发一个页面

邮件正文

（您的姓名）认为您可能会对 bioRxiv 网站上的此页面感兴趣。

您的个人留言

验证码

此问题用于测试您是否为人类访客，并防止自动垃圾信息提交。

分享

NANOCUTSIGHT：一种用于评估不同细胞群体中基因组编辑效率的纳米孔测序方法与分析流程

Danny Bergeron，

Véronique Gaudreault，

Maxime Duval，

Sonya Nassari，

François Boudreau，

Mathieu Durand，

Karine Choquet，

Steve Jean

bioRxiv

2026.09.03.748616；

doi：

https://doi.org/10.64898/2026.09.03.748616

分享本文：

复制

引用工具

NANOCUTSIGHT：一种用于评估不同细胞群体中基因组编辑效率的纳米孔测序方法与分析流程

Danny Bergeron，

Véronique Gaudreault，

Maxime Duval，

Sonya Nassari，

François Boudreau，

Mathieu Durand，

Karine Choquet，

Steve Jean

bioRxiv

2026.09.03.748616；

doi：

https://doi.org/10.64898/2026.09.03.748616

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.03.748616v1?rss=1

🏷️ 基因组编辑 纳米孔测序 CRISPR/Cas9 插入缺失突变 编辑效率评估 类器官模型