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连续性状在系统发育树上的演化并不均衡，从而产生同时受共同祖先和谱系特异性变化塑造的表型分化模式。因此，识别分化程度异常显著的物种对，可能有助于改进基因组—表型比较；然而，现有方法很少能够在整个系统发育树范围内对这类对比进行排序。在此，我们提出表型变化评分（Phenotype Shift Score，PSS），这是一种系统发育比较框架，整合了基于模型的性状分化、观测到的性状范围和枝系距离。将PSS应用于153项连续性状后，我们揭示了不同性状在不同演化深度上的极端分化分布。体质量和脑质量在拟合的布朗运动或奥恩斯坦–乌伦贝克零模型下表现出超出预期的深层极端分化，而经体型校正的脑质量则将近期分化定位于猕猴科谱系之内，与已发表的逐分支重建结果相互补充。基于PSS确定的分组，相较于基于表型绝对极值的分组，能够产生选择性更强且富集程度更高的比较基因组学信号。PSS已在开源R软件包phyloPSS中实现，其成对比较结果可通过灵长类基因组—表型档案库获取。
表型转变评分揭示了灵长类动物表型分化的规模与系统发育结构 | bioRxiv
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表型转变评分揭示了灵长类动物表型分化的规模与系统发育结构
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Arcadi Navarro
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Omar E Cornejo
DOI：
https://doi.org/10.64898/2026.09.03.749256
Fabio Barteri 1 进化生物学研究所（IBE，UPF-CSIC），医学与生命科学系，庞培法布拉大学，巴塞罗那生物医学研究园（PRBB），西班牙巴塞罗那；
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Arcadi Navarro 1 进化生物学研究所（IBE，UPF-CSIC），医学与生命科学系，庞培法布拉大学，巴塞罗那生物医学研究园（PRBB），西班牙巴塞罗那；
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Omar E Cornejo 2 加利福尼亚大学圣克鲁兹分校
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通讯作者：
omcornej{at}ucsc.edu
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摘要
连续性状在系统发育中以不均衡的方式演化，从而形成同时受共同祖先和谱系特异性变化影响的表型分化模式。因此，识别分化程度异常高的物种对，可能有助于改进基因组—表型组比较；然而，现有方法很少能够在整个系统发育树范围内对这类对比进行排序。在此，我们提出表型转变评分（Phenotype Shift Score，PSS），这是一种系统发育比较框架，整合了基于模型的性状分化、观测到的性状范围和枝长距离。将 PSS 应用于 153 个灵长类连续性状后，我们揭示了极端分化在不同进化深度上的性状特异性分布。在拟合的布朗运动或 Ornstein–Uhlenbeck 零模型下，体重和脑重表现出深于预期的极端分化；而经体型校正的脑重则将近期分化定位于长尾猴科谱系内部，这一结果补充了已发表的分支水平重建。基于 PSS 确定的分组，相较于基于绝对表型极端值确定的分组，能够产生更具选择性且富集程度更高的比较基因组学信号。PSS 已在开源 R 软件包 phyloPSS 中实现，其成对比较结果可通过灵长类基因组—表型组档案库获取。
利益冲突声明
脚注
https://github.com/linudz/phyloPSS
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发布于 2026 年 9 月 8 日。
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表型转变评分揭示了灵长类动物表型分化的规模与系统发育结构。
Fabio Barteri
，
Arcadi Navarro
，
Omar E Cornejo
bioRxiv 2026.09.03.749256；
DOI：
https://doi.org/10.64898/2026.09.03.749256
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表型转变评分揭示了灵长类动物表型分化的规模与系统发育结构。
Fabio Barteri
，
Arcadi Navarro
，
Omar E Cornejo
bioRxiv 2026.09.03.749256；
DOI：
https://doi.org/10.64898/2026.09.03.749256
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.03.749256v1?rss=1
🏷️ 表型转变评分 系统发育比较 灵长类表型分化 比较基因组学 连续性状演化