天然条件下结构化DNA寡核苷酸的氢/氘交换离子淌度质谱分析

氢/氘交换耦合质谱（HDX/MS）是一种探究核酸二级结构及其动态性的强大技术，但其解析具有相同质量的构象体的能力仍然有限。为克服这一挑战，我们将离子淌度质谱（IMS）整合到原生HDX/MS工作流程中，并利用多种模型DNA G-四链体结构对该方法进行了测试。我们展示了人端粒序列寡核苷酸的若干实例，其中质量相同的复合物具有不同的碰撞截面，而每一种气相构象集合均对应于独特的溶液相交换行为，从而能够开展仅凭HDX/原生MS无法实现的动力学分析。然而，我们也发现了一些实例：在离子淌度中彼此分离的多个气相群体具有完全相同的溶液相交换行为，这表明构象重排可能发生在电喷雾过程中，或发生于气相中的后续阶段。最后，我们展示了如何利用IMS过滤来区分特定构象集合中非特异性阳离子结合的不同组别，其依据是这些群体具有不同的质量但相同的交换速率。这些研究结果表明，在表征DNA寡核苷酸的结构多态性和构象集合时，IMS是补充HDX/MS不可或缺的工具。

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📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.03.749223v1?rss=1

🏷️ 氢/氘交换质谱 离子淌度质谱 DNA G-四链体 结构多态性 构象动力学