EISCA 与 EISTA：面向单细胞与空间转录组学分析的全谱系流程

单细胞转录组学和空间转录组学正在改变我们对细胞异质性与组织结构的认识，但其分析复杂性仍是主要瓶颈。在此，我们提出 EISCA 和 EISTA 两种标准化、端到端的分析流程，分别用于单细胞 RNA 测序和基于成像的空间转录组学分析。两种流程均构建于 Nextflow nf-core 框架之上，实施模块化、可扩展且可重复的分析工作流，涵盖从原始数据处理到高级下游分析的一、二、三级分析。EISCA 支持基于液滴和基于孔板的 scRNA-seq 技术，而 EISTA 则针对包括 Vizgen MERFISH 和 10x Xenium 在内的高分辨率空间平台进行了优化。二者整合了用于质量控制、标准化、聚类、数据整合、细胞类型注释、差异表达分析和细胞间通信分析的先进方法；此外，EISTA 还支持空间统计分析。其核心设计原则是在标准化与灵活性之间取得平衡：工作流既可端到端执行，也可按模块运行，从而以极低的额外开销支持迭代式、探索性分析。两种流程均可快速生成初步结果，并同时提供开箱即用的分析报告，有助于即时评估数据质量并加速后续发现。在植物免疫和人类脓毒症研究中的案例表明，EISTA 和 EISCA 能够以可重复的方式挖掘出具有生物学意义的洞见。总体而言，这两种流程为全面开展单细胞与空间转录组学分析提供了高效、灵活且可扩展的解决方案。

单细胞转录组学和空间转录组学正在革新我们对细胞异质性和组织结构的理解，但其分析复杂性仍是一个主要瓶颈。在此，我们提出 EISCA 和 EISTA 两种标准化的端到端分析流程，分别用于单细胞 RNA 测序和基于成像的空间转录组学分析。两种流程均构建于 Nextflow nf-core 框架之上，涵盖从原始数据处理到高级下游分析的初级、次级和三级分析，能够实现模块化、可扩展且可重复的工作流程。EISCA 支持基于液滴和基于板式的 scRNA-seq 技术，而 EISTA 则针对包括 Vizgen MERFISH 和 10x Xenium 在内的高分辨率空间平台进行了定制。两者均整合了用于质量控制、标准化、聚类、数据整合、细胞类型注释、差异表达分析和细胞间通信分析的先进方法；此外，EISTA 还支持空间统计分析。其核心设计理念是在标准化与灵活性之间实现平衡：工作流程既可端到端执行，也可采用模块化方式运行，从而以极低的额外开销支持迭代式、探索性分析。两种流程均可快速生成初步结果，并提供开箱即用的分析报告，有助于即时评估数据并加速后续发现。在植物免疫和人类脓毒症研究中的案例表明，EISTA 和 EISCA 能够以可重复的方式挖掘具有生物学意义的发现。总体而言，这两种流程为全面开展单细胞和空间转录组学分析提供了高效、灵活且可扩展的解决方案。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.02.748851v1?rss=1

🏷️ 单细胞RNA测序 空间转录组学 生物信息学流程 Nextflow工作流 细胞类型注释 细胞间通信分析