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单细胞RNA测序技术能够在细胞水平上解析基因表达，从而实现对细胞异质性的深入分析。在本研究中，我们利用人外周血单个核细胞（PBMCs）和终末分化效应记忆CD8+ T细胞（TEMRAs），系统比较了两种单细胞RNA测序（scRNA-seq）平台——10X Genomics和Parse Biosciences。我们发现，两种平台在基因表达变异性及平台特异性偏倚方面存在显著差异，例如核糖体基因和线粒体基因的捕获情况不同。10X平台偏向于捕获较短的基因，而Parse平台则表现出对较长转录本更强的检测能力。在CD8+ TEMRA细胞中，与10X细胞相比，Parse细胞中与抗微生物免疫反应相关的关键基因表达受到低估（例如GNLY、PRF1和GZMB）。这些发现强调，应根据具体研究目标谨慎选择scRNA-seq平台，因为平台特异性偏倚可能影响细胞类型鉴定以及基于基因表达数据获得的机制性认识。我们的研究为免疫学研究中scRNA-seq实验平台的选择提供了参考。
10X Genomics 与 Parse 单细胞 RNA 技术在 PBMC 和 CD8+ TEMRA 细胞中的系统比较 | bioRxiv
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# 10X Genomics 与 Parse 单细胞 RNA 技术在 PBMC 和 CD8+ TEMRA 细胞中的系统比较
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Alejandro Espinoza
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Bruno J. de Andrade Silva
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Matteo Pellegrini
doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.02.748788
Alejandro Espinoza 1 UCLA：加利福尼亚大学洛杉矶分校；
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通讯作者：
aespinoza4442{at}gmail.com
Bruno J. de Andrade Silva 2 加利福尼亚大学洛杉矶分校
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Matteo Pellegrini 2 加利福尼亚大学洛杉矶分校
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## 摘要
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## 摘要
单细胞 RNA 测序技术能够在细胞层面揭示基因表达信息，从而实现对细胞异质性的深入分析。在本研究中，我们以人外周血单个核细胞（PBMCs）和终末分化效应记忆 CD8+ T 细胞（TEMRA）为研究对象，系统比较了两种单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）平台，即 10X Genomics 和 Parse Biosciences。我们发现，两种平台在基因表达变异性及平台特异性偏倚方面存在显著差异，例如核糖体基因和线粒体基因的捕获差异。10X 对较短基因存在偏好，而 Parse 对较长转录本表现出更高的检测能力。在 CD8+ TEMRA 细胞中，与 10X 细胞相比，Parse 细胞中若干与抗微生物免疫反应相关的关键基因表达被低估，例如 GNLY、PRF1 和 GZMB。这些发现强调，应根据具体研究目标谨慎选择 scRNA-seq 平台，因为平台特异性偏倚可能影响细胞类型的鉴定，以及基于基因表达数据获得的机制性认识。我们的研究结果为免疫学研究中 scRNA-seq 实验平台的选择提供了参考。
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发布于 2026 年 9 月 6 日。
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# 10X Genomics 与 Parse 单细胞 RNA 技术在 PBMC 和 CD8+ TEMRA 细胞中的系统比较
Alejandro Espinoza
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Bruno J. de Andrade Silva
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bioRxiv 2026.09.02.748788； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.02.748788
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# 10X Genomics 与 Parse 单细胞 RNA 技术在 PBMC 和 CD8+ TEMRA 细胞中的系统比较
Alejandro Espinoza
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bioRxiv 2026.09.02.748788； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.02.748788
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.02.748788v1?rss=1
🏷️ 单细胞RNA测序 10X Genomics Parse Biosciences 外周血单个核细胞 CD8+ TEMRA细胞 平台特异性偏倚