非洲巨鼩（Crocidura olivieri）中的初始物种形成、快速扩张与反复渗入杂交

非洲巨鼩鼱（Crocidura olivieri）是撒哈拉以南非洲分布最广的本土小型哺乳动物之一，其栖息地范围从湿润的热带森林延伸至干旱稀树草原。其广泛的地理分布、生态多样性以及尚未解决的系统发育关系表明，该类群可能经历了快速多样化的历史；然而，杂交和种群扩张所发挥的作用仍知之甚少。我们结合了对撒哈拉以南非洲各地种群开展采样所获得的全基因组ddRAD数据和线粒体数据，重建了非洲巨鼩鼱的演化历史。我们揭示了该类群广泛存在的线粒体—核基因组不一致性，并表明这种不一致性反映的是反复发生的复杂渗入性杂交历史，而非单一的演化事件。基因组分析解析出三个主要演化谱系，并鉴定出四次基因渗入事件，其中包括C. olivieri祖先与干旱适应物种祖先之间广泛的双向全基因组渗入，随后又发生了与地理分布扩张相关的单向渗入。在C. olivieri类群内部，我们鉴定出五个具有地理结构的谱系，这些谱系之间存在持续的基因流，代表了初始物种形成的不同阶段。种群动态分析进一步揭示，晚更新世和全新世早期曾反复发生种群扩张，其时间在不同谱系间有所差异，与气候波动相一致，并且人类活动增强及其伴随的人类关联增加可能也发挥了一定作用。我们的研究表明，分布范围的反复扩张与杂交是推动非洲巨鼩鼱多样化的主要因素，并确立了这一系统作为研究早期物种形成所涉及基因组过程的有力模型。

非洲巨鼩鼱（Crocidura olivieri）是撒哈拉以南非洲分布最广泛的本土小型哺乳动物之一，其栖息地涵盖从湿润热带森林到干旱稀树草原的多种环境。其广泛的地理分布、生态多样性以及尚未解决的系统发育关系表明，该类群可能经历了快速辐射演化的历史；然而，杂交与种群扩张所发挥的作用仍知之甚少。我们结合对撒哈拉以南非洲各地种群进行采样所获得的全基因组 ddRAD 数据和线粒体数据，重建了非洲巨鼩鼱的演化历史。我们揭示了该类群广泛存在的线粒体—核基因组不一致现象，并表明这种不一致反映的是反复发生的渐渗杂交所形成的复杂历史，而非单一的演化事件。基因组分析解析出三条主要演化谱系，并鉴定出四次渐渗事件，其中包括 C. olivieri 与适应干旱环境物种的祖先之间广泛的双向全基因组渐渗，以及随后与地理分布扩张相关的单向渐渗。在 C. olivieri 类群内部，我们鉴定出五条具有地理结构的谱系，这些谱系之间存在持续的基因流，代表了初始物种形成的不同阶段。种群动态分析进一步揭示，晚更新世和全新世早期曾反复发生种群扩张，其发生时间因谱系而异，并与气候波动相一致；人类活动与这些种群扩张日益密切的关联可能也发挥了作用。我们的研究表明，反复的地理分布扩张与杂交是推动非洲巨鼩鼱多样化的主要因素，并确立了这一系统作为研究早期物种形成过程中基因组演化机制的有力模型。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.02.748917v1?rss=1

🏷️ 初始物种形成 渗入性杂交 基因组系统发育 种群扩张 线粒体—核基因组不一致性