人心果（Chiku）的端粒到端粒基因组揭示了重复序列介导的基因组演化

人心果（Chiku）是山榄科的一种热带果树。本研究组装了首个心至心（Telomere-to-telomere，T2T）人心果基因组，基因组大小达1.6 Gb，具有较高的连续性（N50 = 134 Mb）。比较分析揭示，山榄科成员之间的分化极为近期，并共享一次全基因组复制（WGD）事件。新构建的山榄科祖先核型（Ancestral Sapotaceae Karyotype，ASK）表明，该科具有以染色体融合为主导的染色体结构。该基因组表现出谱系特异性的转座元件（TE）增殖，并伴随着长末端重复序列（LTR）-Gypsy元件近期的一次爆发式扩增（约发生于0.09百万年前）。全基因组甲基化分析显示，CpG和CHG甲基化水平升高，且TE沉默作用随其年龄增加而增强，这表明强烈的表观遗传调控有助于稳定富含重复序列的基因组，同时维持基因表达。总体而言，这些发现深化了我们对植物富含重复序列基因组演化的认识，并为人心果的基因组辅助育种提供了有价值的理论框架。

人心果（Chiku，Manilkara zapota）是山榄科的一种热带果树。本研究组装了首个M. zapota端粒至端粒（Telomere-to-telomere，T2T）基因组，大小达1.6 Gb，且具有较高的连续性（N50 = 134 Mb）。比较基因组分析显示，山榄科成员之间发生了非常近期的分化，并共享一次全基因组复制（WGD）事件。新构建的山榄科祖先核型（Ancestral Sapotaceae Karyotype，ASK）表明，该科具有以染色体融合为主导的染色体结构。该基因组表现出谱系特异性的转座元件（TE）增殖，并伴随LTR-Gypsy元件近期的一次爆发式扩增（约0.09百万年前）。全基因组甲基化分析显示，CpG和CHG甲基化水平较高，且TE沉默作用随年龄增长而增强，表明强大的表观遗传调控机制能够在维持基因表达的同时稳定富含重复序列的基因组。总体而言，这些发现拓展了我们对植物重复序列丰富型基因组演化的认识，并为M. zapota的基因组辅助育种提供了有价值的框架。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.02.748860v1?rss=1

🏷️ 端粒到端粒基因组组装 重复序列介导的基因组演化 转座元件扩增 全基因组复制 DNA甲基化 植物基因组学