跨队列乳腺癌转录图谱描绘了其亚型与微环境程序

乳腺癌包含多种异质性转录状态，而离散的临床或分子亚型标签尚不能完全捕捉这些状态。为在统一框架下可视化这种异质性，我们基于18,089个蛋白编码基因，采用协调一致的处理流程、批次校正、共识聚类和PaCMAP降维方法，整合了来自13项研究的2,284例患者样本的bulk RNA测序数据，构建了一个可交互式乳腺癌转录组景观。共识聚类识别出五个主要区域，并利用为每个样本计算的PAM50评分对其进行注释：Luminal A型、Luminal B型、HER2富集型，以及两个基底样相关簇。基底样簇进一步分化为两个区域：一个以T细胞炎症、肿瘤相关巨噬细胞（TAM）和低纯度特征为标志的免疫富集区域；另一个则为富集增殖和DNA复制程序的细胞周期驱动区域。叠加标志基因、通路、激酶、神经元样信号传导程序、癌症相关成纤维细胞（CAF）状态及TAM程序后，揭示了在空间上组织的亚型生物学特征和微环境异质性。最后，通过投影与治疗相关的耐药特征，识别出与预测的HER2靶向治疗耐药及激素受体导向内分泌治疗耐药相关的景观区域。该资源支持对转录状态、标志基因、通路及治疗反应程序进行交互式探索，为乳腺癌生物标志物发现提供了一个面向研究群体的框架。

乳腺癌包含异质性的转录状态，而离散的临床或分子亚型标签尚不能对其进行完全刻画。为在统一框架下可视化这种异质性，我们利用18,089个蛋白编码基因，采用标准化处理流程、批次效应校正、共识聚类和PaCMAP降维方法，整合了来自13项研究的2,284例患者样本的bulk RNA测序数据，构建了一个交互式乳腺癌转录组景观。共识聚类识别出五个主要区域，并根据为每个样本计算的PAM50评分对其进行注释：Luminal A型、Luminal B型、HER2富集型以及两个基底样相关簇。基底样簇进一步分为一个免疫富集区域，其特征为T细胞炎症、肿瘤相关巨噬细胞（TAM）及低纯度特征；以及一个细胞周期驱动区域，其富集增殖和DNA复制程序。对标志基因、通路、激酶、神经元样信号传导程序、癌症相关成纤维细胞（CAF）状态和TAM程序进行叠加分析，揭示了在空间上呈组织化分布的亚型生物学特征及微环境异质性。最后，通过投射与治疗相关的耐药特征，识别出与预测的HER2靶向治疗耐药以及激素受体导向的内分泌治疗耐药相关的景观区域。该资源支持对转录状态、标志基因、通路及治疗反应程序进行交互式探索，为乳腺癌生物标志物发现提供了一个面向研究群体的框架。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.31.748296v1?rss=1

🏷️ 乳腺癌转录组 肿瘤异质性 分子亚型 肿瘤微环境 共识聚类 治疗耐药