多亲本RNA-seq驱动的eQTL筛选鉴定出决定广食性植食动物寄主植物适合度的基因座

二斑叶螨（Tetranychus urticae）是一种极端广食性的害虫，然而，其适应潜力的遗传基础尚未得到充分阐明。由于表达数量性状位点（expression quantitative trait loci，eQTL）为众多表型提供了遗传基础，我们旨在鉴定在二斑叶螨从普通寄主植物（菜豆）转移至具有挑战性的寄主植物（番茄）后，支撑其适合度的反式 eQTL 热点。然而，反式 eQTL 的鉴定较为复杂，且往往受到方法学挑战和高成本的限制。因此，我们采用了一种由 RNA 测序驱动的多亲本作图策略，从而以较高的成本效益充分利用广泛的遗传变异。在菜豆上，由少数遗传多样性高且通常为杂合的亲本构建了一个随机交配群体，随后将其转移至番茄上，并进行 RNA 测序。在对亲本进行全基因组测序后，仅需对作图群体个体开展 RNA 测序，即足以将其基因组重构为亲本单倍型区块的组合。随后开展的 eQTL 作图鉴定出 23 个不同的反式 eQTL 热点区域，这些区域与众多靶基因的表达相关。位于染色体 3 上的最显著热点与约 900 个基因相关，并表现出与解毒和消化相关功能的富集。此外，其中 4 个反式 eQTL 热点基因型能够解释二斑叶螨在该具有挑战性寄主植物上的适合度变异。这与传统 QTL 作图方法形成对比，后者由于多重检验校正而无法检测到这些基因型。因此，本研究为反式 eQTL 热点筛选以及在复杂的多亲本遗传背景中发现与性状相关的位点提供了一种强有力的策略。

多亲持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。

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发布于 2026 年 9 月 3 日。

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多亲本 RNA-seq 驱动的 eQTL 筛选鉴定出决定广食性植食动物寄主植物适合度的基因座

Femke De Graeve

，

Berdien De Beer

，

Sander De Rouck

，

Shauny Naessens

，

Mathijs Herpoel

，

Jan Fostier

，

Richard Clark

，

Thomas Van Leeuwen

，

Tim De Meyer

bioRxiv

2026.08.30.748081；

DOI：

https://doi.org/10.64898/2026.08.30.748081

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多亲本 RNA-seq 驱动的 eQTL 筛选鉴定出决定广食性植食动物寄主植物适合度的基因座

Femke De Graeve

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bioRxiv

2026.08.30.748081；

DOI：

https://doi.org/10.64898/2026.08.30.748081

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.30.748081v1?rss=1

🏷️ 二斑叶螨 多亲本RNA-seq 反式eQTL 寄主适应 适合度遗传基础 解毒与消化相关基因