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基于质谱的蛋白质组学需要对处理后的蛋白质丰度数据进行下游分析，包括数据检查、筛选、统计检验、功能富集、蛋白质集比较、网络分析和可视化。MiraProt 被开发为一个模块化、具备元数据感知能力的 R Shiny 平台，将上述步骤整合到一个面向处理后蛋白质水平蛋白质组学数据的交互式工作流程中。其元数据感知设计使研究者能够在数据准备阶段定义标识符、样本信息、实验条件、数据变换方式以及派生数据列，并在后续各项分析中保持一致地重复使用。为展示其应用，我们重新分析了此前发表的一组无标记定量蛋白质组学数据，该数据来源于健康马和患有马复发性葡萄膜炎（equine recurrent uveitis，ERU）马匹的原代视网膜穆勒细胞。ERU 是一种自然发生于马的自身免疫性眼病，其特征是由自身反应性 T 细胞触发的反复性眼内炎症。穆勒细胞是视网膜中特化的宏胶质细胞，具有维持视网膜离子稳态和支持视网膜神经元代谢等多种功能。在校正后的 p 值 [≤] 0.05 的 193 个蛋白质中，有 187 个蛋白质在 ERU 来源穆勒细胞与对照穆勒细胞之间还表现出至少 2 倍的丰度差异。功能富集分析显示，差异特征主要涉及细胞核 RNA 加工、染色质相关结构、DNA 和 RNA 结合、干扰素应答以及细胞周期相关程序。基因集富集分析鉴定出干扰素-α应答、干扰素-γ应答以及 MYC、E2F 和 G2M 相关基因集的正向富集。对共有蛋白质进行网络分析后，进一步将这一特征与 DNA 复制、有丝分裂检查点调控和 RNA 加工联系起来。ERU 来源穆勒细胞中，MHC II 类相关蛋白的丰度也有所增加。综上，这些发现鉴定出 ERU 中穆勒细胞具有干扰素应答、细胞周期相关及 MHC II 类相关的蛋白质特征，并为进一步开展机制研究提出了可通过实验检验的假设。MiraProt 提供了一个易于使用且具备元数据感知能力的框架，可用于对处理后的蛋白质组学数据集进行可重复的下游探索，并优先筛选有待实验验证的候选蛋白质和通路。
基于质谱的蛋白质组学需要对处理后的蛋白质丰度数据进行下游分析，包括数据检查、筛选、统计检验、功能富集、蛋白质集比较、网络分析和可视化。MiraProt 被开发为一个模块化、具备元数据感知能力的 R Shiny 平台，将上述步骤整合到一个用于处理后蛋白质水平蛋白质组学数据的交互式工作流程中。其元数据感知设计使研究者能够在数据准备阶段定义标识符、样本信息、实验条件、数据转换方式及派生数据列，并在后续分析中保持一致地重复使用这些信息。为展示其应用，我们重新分析了此前发表的一组无标记定量蛋白质组学数据，该数据来源于健康马和患马复发性葡萄膜炎（equine recurrent uveitis，ERU）马匹的原代视网膜 Müller 细胞。ERU 是一种自然发生于马的自身免疫性眼病，其特征为由自身反应性 T 细胞触发的反复性眼内炎症。Müller 细胞是视网膜中特化的宏胶质细胞，具有维持视网膜离子稳态和支持视网膜神经元代谢等多种功能。在校正后 p 值 [≤] 0.05 的 193 种蛋白质中，有 187 种在 ERU 来源的 Müller 细胞与对照 Müller 细胞之间还表现出至少两倍的丰度差异。功能富集分析显示，这些蛋白质主要涉及细胞核 RNA 加工、染色质相关结构、DNA 和 RNA 结合、干扰素反应以及细胞周期相关程序。基因集富集分析鉴定出干扰素 α 反应、干扰素 γ 反应以及 MYC、E2F 和 G2M 相关基因集的正向富集。对共有蛋白质进行网络分析进一步表明，该特征与 DNA 复制、有丝分裂检查点调控及 RNA 加工相关。ERU 来源的 Müller 细胞中，MHC II 类相关蛋白的丰度也有所增加。综上，这些发现鉴定出 ERU 中 Müller 细胞具有一种与干扰素反应、细胞周期及 MHC II 类相关的蛋白质特征，并为进一步开展机制研究提出了可通过实验检验的假设。MiraProt 提供了一个易于使用且具备元数据感知能力的框架，可用于对处理后的蛋白质组学数据集进行可重复的下游探索，并优先筛选适合后续实验验证的候选蛋白质和通路。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.27.747296v1?rss=1
🏷️ 蛋白质组学 生物信息学 R Shiny平台 马复发性葡萄膜炎 穆勒细胞 差异蛋白分析