XpBrew 和 PanXpresso——自动化 RNA-seq 处理流程与全面的基因表达数据集

测序技术的快速发展降低了转录组实验的成本，并促成了大量公开可用的 RNA-seq 数据集。这些数据资源可通过数据再利用加以挖掘，从而获得新的生物学见解。在此背景下，我们推出了 XpBrew，这是一套端到端的 Python 工作流程，并利用该流程生成了 PanXpresso——一个涵盖植物、动物、真菌、细菌和古菌等广泛分类范围的综合性基因表达数据集集合。XpBrew（https://github.com/PuckerLab/XpBrew）和 PanXpresso（https://doi.org/10.60507/FK2/OBIGQH）均可免费获取。

测序技术的快速发展降低了转录组学实验的成本，并促成了大量公开可用的 RNA-seq 数据集。这些数据资源可通过数据再利用获得新的生物学 Erkenntnisse。基于此，我们介绍了 XpBrew，这是一套端到端的 Python 工作流程，并利用该流程生成了 PanXpresso——一个涵盖植物、动物、真菌、细菌和古菌等广泛分类范围的综合性基因表达数据集集合。XpBrew（https://github.com/PuckerLab/XpBrew）和 PanXpresso（https://doi.org/10.60507/FK2/OBIGQH）均可免费获取。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.27.747620v1?rss=1

🏷️ RNA-seq分析 转录组学 基因表达数据集 自动化工作流程 数据再利用