dnoise：适用于 Bruker timsTOF 的快速原生数据降维

Bruker timsTOF 采集会产生高密度的原生 .d 文件，在高通量条件下，其存储、传输和归档将成为相当大的负担。我们提出了 dnoise，这是一款开源 Rust 工具，可直接从 timsTOF 帧中移除数据点，并写入与原生格式兼容的 .d 目录。dnoise 保留在离子淌度维度上形成连贯条带的离子，并对无法被选择进行碎裂的信号应用与采集方式相适配的门控规则。在涵盖 ddaPASEF 和 diaPASEF、采用 5 分钟和 15 分钟梯度的三物种基准测试中，默认的仅针对 MS1 的去噪使帧二进制文件大小减少了 35% 至 53%。在两种模式下，非标记定量的准确性均得到保持。正如预期，由于检索所用的 MS/MS 光谱未被处理，ddaPASEF 的肽段-谱图匹配、肽段和蛋白质组计数均未发生变化；而 diaPASEF 的前体和蛋白质组计数仅发生轻微变化。在基准工作站上，所有测试处理任务均在 69 秒或更短时间内完成。可选的 MS/MS 去噪能够实现更大幅度的压缩，但会牺牲数个百分点的鉴定结果。因此，可以移除原生 timsTOF 帧数据中相当大的一部分，而不会对分析结果产生明显影响。

Bruker timsTOF 采集会生成高密度的原生 .d 文件，在高通量场景下，其存储、传输和归档将成为重大负担。我们提出了 dnoise，这是一款开源 Rust 工具，可直接从 timsTOF 帧中移除数据点，并写出与原生格式兼容的 .d 目录。dnoise 保留在离子淌度维度上形成连贯条带的离子，并针对无法被选择用于碎裂的信号应用符合采集特征的门控策略。在一个涵盖三种物种、ddaPASEF 和 diaPASEF 两种采集模式以及 5 分钟和 15 分钟梯度的基准测试中，默认的仅 MS1 去噪使帧二进制文件大小减少了 35% 至 53%。在两种模式下，无标记定量的准确性均得以保持。正如预期，由于经检索的 MS/MS 光谱未被修改，ddaPASEF 的肽-谱匹配、肽和蛋白质组数量均未发生变化；而 diaPASEF 的前体和蛋白质组数量仅有轻微变化。在基准工作站上，所有测试的处理运行均在 69 秒或更短时间内完成。可选的 MS/MS 去噪能够实现更大幅度的数据缩减，但会牺牲数个百分点的鉴定结果。因此，可以在几乎不改变分析结果的情况下，移除原生 timsTOF 帧数据中的相当一部分。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.27.747603v1?rss=1

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