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准确注释 RNA 碱基配对相互作用对于结构分析、基准测试以及数据驱动的 RNA 结构预测至关重要。已有多种工具可从三维坐标中提取 RNA 相互作用，但其输出格式各异，且可能存在不一致，尤其是在非经典碱基对的识别方面。我们提出了 EXTRARNAS，这是一个基于 Java 的框架，可利用多种工具自动化、可重复且便捷地大规模提取 RNA 结构注释。EXTRARNAS 处理由 PDB 标识符和链指定的 RNA 结构批次，或处理作为本地 PDB 文件提供的结构；该框架通过基于 Docker 的环境执行注释工具，并利用基于 ANTLR4 的语法解析工具特异性输出。对于每个结构—工具组合，框架均生成用于表示经典顺式 Watson-Crick 相互作用的标准 BPSEQ 文件，并引入 BPSEQE 这一标准化文本格式，用于表示扩展二级结构，同时保留经典、非经典以及每个核苷酸对应的多重相互作用。目前的原型支持 RNAView、MC-Annotate 和 RNAPolis Annotator。我们在包含三链螺旋基序的八个 RNA 结构上展示了 EXTRARNAS 的应用，将提取的经典碱基对与经整理的 BPSEQ 参考文件进行比较，并评估其对经人工验证的 Hoogsteen 相互作用的恢复能力。结果显示，不同工具之间存在一致性的差异，尤其是在非经典相互作用的识别方面，这凸显了 BPSEQE 等标准化表示形式对于支持可重复比较以及未来基于共识的注释的必要性。
准确标注 RNA 碱基配对相互作用对于结构分析、基准测试以及数据驱动的 RNA 结构预测至关重要。已有多种工具能够从三维坐标中提取 RNA 相互作用，但其输出格式各异，且可能存在不一致，尤其是在非经典碱基对的识别方面。本文提出 EXTRARNAS，一种基于 Java 的框架，用于结合多种工具，自动化、可重复且便捷地大规模提取 RNA 结构注释。EXTRARNAS 可处理由 PDB 标识符和链指定的 RNA 结构批次，也可处理用户提供的本地 PDB 文件；该框架通过基于 Docker 的环境运行注释工具，并利用基于 ANTLR4 的语法解析各工具的特定输出。对于每个结构–工具组合，框架均生成用于表示经典顺式 Watson–Crick 相互作用的标准 BPSEQ 文件，并引入 BPSEQE 这一标准化文本格式，用于表示扩展二级结构，同时保留经典、非经典以及每个核苷酸对应的多重相互作用。目前，该原型支持 RNAView、MC-Annotate 和 RNAPolis Annotator。我们在包含三链体基序的八个 RNA 结构上展示了 EXTRARNAS 的应用，将提取的经典碱基对与经整理的 BPSEQ 参考文件进行比较，并评估其对经人工验证的 Hoogsteen 相互作用的识别情况。结果显示，不同工具之间存在一致性的差异，尤其是在非经典相互作用的识别方面，这凸显了 BPSEQE 等标准化表示方法对于支持可重复比较以及未来基于共识的注释的重要性。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.27.747497v1?rss=1
🏷️ RNA结构注释 碱基配对识别 非经典碱基对 RNA二级结构 结构生物信息学 标准化数据格式