- 9 次围观
Aegilops peregrina 是一种野生异源四倍体小麦近缘种，是耐逆性和农艺性状遗传多样性的重要来源。本研究利用 PacBio HiFi 和 Hi-C 测序技术，对一个耐旱且抗秆锈病的 Aegilops peregrina 种质 PI 604178 开展了亚基因组分辨率、染色体尺度的参考基因组组装。该组装基因组大小为 10.13 Gb，其中 98.81% 的序列被锚定至 14 条伪分子，分别代表 7 条 S 染色体和 7 条 U 染色体；组装的 contig N50 和 scaffold N50 分别为 25.84 Mb 和 746.48 Mb。该组装的共有序列质量值达到 74.61，k-mer 完整度为 97.83%，BUSCO 完整度为 99.9%。S 亚基因组和 U 亚基因组的 LTR Assembly Index 值分别为 20.43 和 18.79，进一步表明其在富含重复序列区域具有较高的连续性。重复元件占染色体锚定组装序列的 85.93%。我们注释获得了 59,910 个高置信度蛋白质编码基因，两个亚基因组中的基因组成情况相当。该参考基因组为比较基因组学分析、调控农艺性状和抗逆相关性状的重要位点鉴定，以及利用序列指导的 Aegilops peregrina 等位基因多样性挖掘以改良小麦，提供了高质量的基因组框架。
Aegilops peregrina 是一种野生异源四倍体小麦近缘种，是耐逆性和农艺性状遗传多样性的重要来源。本研究利用 PacBio HiFi 和 Hi-C 测序技术，构建了一个来源于耐旱且抗秆锈病的 Aegilops peregrina 株系 PI 604178 的亚基因组解析、染色体水平参考基因组组装。该组装基因组大小为 10.13 Gb，其中 98.81% 的序列被锚定至 14 条假分子，分别代表 7 条 Sᵖ 染色体和 7 条 Uᵖ 染色体；组装的 contig N50 和 scaffold N50 分别为 25.84 Mb 和 746.48 Mb。该组装的共有序列质量值为 74.61，k-mer 完整度为 97.83%，BUSCO 完整度为 99.9%。Sᵖ 和 Uᵖ 亚基因组的 LTR Assembly Index 值分别为 20.43 和 18.79，进一步表明其在富含重复序列区域具有较高的连续性。重复元件占染色体锚定组装序列的 85.93%。我们注释获得了 59,910 个高可信度蛋白质编码基因，两个亚基因组中的基因组成情况相当。该参考基因组为比较分析、调控农艺性状和抗逆相关性状的重要基因座鉴定，以及基于序列指导的 Aegilops peregrina 等位基因多样性挖掘和小麦改良提供了高质量的基因组框架。
感谢您有兴趣传播 bioRxiv 的相关信息。
注意：要求提供您的电子邮箱地址，仅用于确认您是本文的发送者。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.28.747929v1?rss=1
🏷️ 异源四倍体小麦 亚基因组解析 染色体尺度基因组组装 PacBio HiFi测序 Hi-C测序 比较基因组学