nf_xpatial：用于 Xenium 数据标准化预处理与聚类的可复现框架

近年来，空间转录组学的发展使得研究人员能够在原位保持单细胞和亚细胞分辨率的同时，对数量日益增加的基因进行分析。然而，用于分析此类数据集的标准化生物信息学流程发展相对滞后，现有流程主要聚焦于图像处理和细胞分割。为弥补这一不足，我们提出了 nf_xpatial——一套用于下游分析 10x Genomics Xenium 数据的最佳实践 Nextflow 流程。该流程执行质量控制、过滤、对数归一化和细胞面积归一化、多样本整合，以及基于系统性参数扫描的表达驱动聚类和空间信息驱动聚类，使用户能够在一次可重复运行中评估和比较不同的聚类分辨率与空间建模参数。总体而言，nf_xpatial 简化了 Xenium 数据从平台输出到整合的单细胞聚类和空间聚类数据集的处理过程，为生物学家提供了一个标准化的起点，使其能够进一步微调参数并开展基于假设的空间分析。

空间转录组学的最新进展使得研究人员能够在保留原位单细胞和亚细胞分辨率的同时，对数量日益增加的基因进行分析。然而，用于分析此类数据集的标准化生物信息学工作流程发展相对滞后，现有流程主要聚焦于图像处理和细胞分割。为弥补这一空白，我们提出了 nf_xpatial——一个面向 10x Genomics Xenium 数据下游分析、遵循最佳实践的 Nextflow 流程。该流程可执行质量控制、数据过滤、对数归一化和细胞面积归一化、多样本整合，以及基于表达和空间信息的聚类，并通过系统性的参数扫描，使用户能够在单次可重复运行中评估和比较不同的聚类分辨率与空间建模参数。总体而言，nf_xpatial 简化了从平台输出到整合的单细胞与空间聚类数据集的 Xenium 数据处理过程，为生物学家进一步微调参数并开展以假设为驱动的空间分析提供了标准化起点。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.25.747147v1?rss=1

🏷️ 空间转录组学 Xenium数据分析 单细胞聚类 数据标准化 Nextflow流程 可重复性分析