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FigTree 是一款长期使用的系统发育树查看器，但其以图形用户界面为中心的工作流程本身并不能提供样式操作的版本化、可批量重放记录。我们提出 FigTreeKit，这是一个 Python 软件包，可对 FigTree 1.4.4 所支持的注释子集（!hilight、!color 和 !font）进行序列化，在基于拓扑结构的进化枝折叠之前审计分类学映射，保留测试样例中选定的 BEAST 风格元数据，并调用经过修补的 FigTree 渲染器，以无头模式输出 PNG、PDF 和 SVG 文件。在 60 棵独立生成的平衡树上进行测试时，这些树包含 50 至 10,000 个分类单元（每种规模 10 棵树，每棵树计时 10 次作为技术重复），树级导出时间的双对数斜率为 0.96（95% 置信区间 [CI]：0.91–1.01）；这一结果与测试范围内近似线性扩展相符，但并不能证明其必然呈线性扩展。我们对包含 189,801 个分类单元的 GTDB R232 细菌参考树进行了解析和导出，以展示其在大数据规模下的可扩展性。在包含 10,122 个分类单元的 GTDB R232 古菌参考树上，脚本化工作流程评估了 179 个目级群组；其中，142 个包含多个末端节点的群组产生了非平凡折叠，而 37 个单例群组未改变显示结果。该软件配备了 796 项通过的测试、一个包含针对捆绑 FigTree JAR 的验收测试的黄金一致性语料库、基于确定性场景的拓扑检查，以及总体 81% 的语句覆盖率；后者作为描述性工程指标予以报告。FigTreeKit 依据 GPL-2.0-or-later 许可证，以 figtreekit 软件包的形式发布于 PyPI，其源代码、文档和基准测试数据已存档于 Zenodo。
FigTree 是一款长期使用的系统发育树查看器，但其以图形用户界面（GUI）为中心的工作流程本身并不能提供样式操作的版本化、可批量重放记录。我们提出 FigTreeKit，这是一个 Python 软件包，可将 FigTree 1.4.4 注释的受支持子集（!hilight、!color 和 !font）序列化，在拓扑结构约束的分支群折叠之前对分类学映射进行审计，在经测试的固定测试样例中保留选定的 BEAST 风格元数据，并调用经修补的 FigTree 渲染器，以无头模式输出 PNG、PDF 和 SVG 文件。在 60 棵独立生成的平衡树上（包含 50—10,000 个分类单元；每种规模 10 棵树，每棵树计时 10 次作为技术重复），树级对数—对数导出时间斜率为 0.96（95% 置信区间 [CI]：0.91—1.01）；这一结果与测试范围内近似线性的扩展相容，但并不能证明其具有线性关系。包含 189,801 个分类单元的 GTDB R232 细菌参考树被成功解析并导出，作为大数据规模可扩展性的示范。在包含 10,122 个分类单元的 GTDB R232 古菌参考树上，脚本化工作流程评估了 179 个目级分组；其中 142 个多末端分组产生了非平凡的折叠，而 37 个单分类单元分组未改变显示结果。该软件配套提供 796 项通过的测试、一个包含针对内置 FigTree JAR 的验收测试的黄金一致性语料库、基于确定性场景的拓扑检查，以及总体 81% 的语句覆盖率；后者被报告为描述性工程指标。FigTreeKit 依据 GPL-2.0-or-later 许可证，以 figtreekit 软件包形式发布于 PyPI，其源代码、文档和基准测试数据已存档于 Zenodo。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.27.747475v1?rss=1
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