尺度依赖性使生活史性状与蜥形纲转座元件进化脱钩

突变危害假说（Mutational Hazard Hypothesis，MHH）预测，有效群体大小的降低会削弱纯化选择，并促进转座元件（transposable element，TE）的积累。由于有效群体大小难以在广泛的分类学尺度上进行估计，体重、世代时间和 dN/dS 通常被用作替代指标。我们分析了167个蜥形类基因组中的TE景观，以检验这些替代指标能否在不同系统发育尺度上稳定地预测基因组TE比例。三者均表现出明显的尺度依赖性。体重在不同类群之间与TE比例呈正相关，但这一关系在类群内部消失：经多重检验校正后，仅蛇类保留了显著的Pearson负相关，而相应的系统发育校正斜率并不显著。世代时间在合并数据中表现出较强的相关性，但在所有主要类群内部，无论是Pearson分析还是系统发育广义最小二乘法（PGLS）分析中，这种相关性均消失。合并数据中的 dN/dS–TE 关系在结构方程模型中进一步控制体重和世代时间后也不再存在；仅在龟类中保留了稳健的类群内相关性。包括海蛇中LTR扩增在内的谱系特异性TE动态，无法通过这些替代指标得到解释。这些结果表明，MHH中常用的替代指标主要反映类群层面的结构，而非一致的谱系内作用机制。

突变危害假说（Mutational Hazard Hypothesis，MHH）预测，有效种群大小的降低会削弱纯化选择，并促进转座元件（transposable element，TE）的积累。由于难以在广泛的分类尺度上估计有效种群大小，体重、世代时间和 dN/dS 通常被用作其替代指标。我们分析了167个蜥形类基因组中的TE景观，以检验这些替代指标能否在不同系统发育尺度上持续一致地预测基因组TE比例。三者均表现出明显的尺度依赖性。体重在不同类群之间与TE比例呈正相关，但这一关系在类群内部失效：经多重检验校正后，仅蛇类保留了显著的负向Pearson相关，而相应的系统发育校正斜率并不显著。世代时间在合并数据中表现出较强的相关性，但在所有主要类群内部，无论是Pearson分析还是PGLS分析中，这种相关性均消失。合并数据中dN/dS与TE的关系在结构方程模型中纳入体重和世代时间后也消失，仅在龟类中保留了稳健的类群内相关性。包括海蛇LTR扩增在内的谱系特异性TE动态，未能通过这些替代指标得到捕捉。这些结果表明，常用的MHH替代指标主要反映类群层面的结构，而非一致的谱系内作用机制。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.26.747309v1?rss=1

🏷️ 转座元件进化 突变危害假说 有效群体大小 比较基因组学 系统发育分析