Prot2Surf：蛋白质-表面结合模式的快速分析

摘要：Prot2Surf 是一种用于表征和预测蛋白质与表面结合的软件工具。在本应用说明中，利用裂解性多糖单加氧酶（lytic polysaccharide monooxygenases，LPMOs）的催化结构域对 Prot2Surf 进行了测试，研究对象为其与天然表面的相互作用。结果表明，该软件能够高效分析关键的结合特征，包括蛋白质–表面距离、催化反应原子之间的距离，以及表面链与蛋白质之间的取向角。这些特征对于区分此类蛋白质–表面体系中的有效结合构象，以及理解可为蛋白质工程提供指导的相互作用模式至关重要。Prot2Surf 可在数秒至数分钟内完成这些分析，为后处理和表征蛋白质–表面遭遇复合物提供了快速且易于使用的框架。可用性与实现：Prot2Surf 使用 Fortran90 编写，相关文档及开源代码可在 GitHub 免费获取：https://github.com/TUNNELING-GROUP/Prot2Surf。运行 Prot2Surf 时，用户还需安装 SDA 软件包，该软件包可从 https://www.h-its.org/downloads/sda7/ 免费获取。

摘要：Prot2Surf 是一种用于表征和预测蛋白质与表面结合的软件工具。在本应用说明中，采用裂解性多糖单加氧酶（lytic polysaccharide monooxygenases，LPMOs）的催化结构域与天然表面相互作用的体系，对 Prot2Surf 进行了测试。结果表明，该软件能够高效分析关键的结合特征，包括蛋白质-表面距离、催化反应原子之间的距离，以及表面链与蛋白质之间的取向角。这些特征对于区分此类蛋白质-表面体系中的有效结合构象，以及理解可为蛋白质工程提供指导的相互作用模式至关重要。Prot2Surf 可在数秒至数分钟内完成上述分析，为蛋白质-表面遭遇复合物的后处理与表征提供了快速且易于使用的框架。可用性与实现：Prot2Surf 采用 Fortran90 编写，相关文档及开源代码可在 GitHub 上免费获取：https://github.com/TUNNELING-GROUP/Prot2Surf。运行 Prot2Surf 还需安装 SDA 软件包，该软件包可从 https://www.h-its.org/downloads/sda7/ 免费获取。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.26.747352v1?rss=1

🏷️ 蛋白质-表面相互作用 蛋白质结合构象 分子模拟分析 裂解性多糖单加氧酶 蛋白质工程