欧亚杓鹬（Numenius arquata）的基因组现状：估算生物多样性关键变量并识别数量下降的迁徙鸟类中的选择信号

了解当代种群数量下降如何影响受威胁物种的基因组多样性与结构，对于制定有效的保护措施至关重要。欧亚杓鹬（*Numenius arquata*）在整个欧洲正经历严重的种群衰退，其中爱尔兰的情况尤为极端，40年来种群数量下降幅度超过90%。基因组数据正日益被纳入政策制定，并通过评估遗传多样性、遗传分化、近亲繁殖、有效种群大小和适应性分化来确定物种的保护状况。然而，目前关于杓鹬的此类数据十分匮乏，北欧和西北欧繁殖种群之间的种群结构仍不清楚。为此，我们对分布于爱尔兰、英国和瑞典的56只杓鹬开展了全基因组重测序。爱尔兰和英国种群之间的种群间分化极小，但二者均与瑞典种群存在显著分化。这一点从主成分分析、群体混合分析和F_ST分析中均可明显看出。各群体的遗传多样性指标（核苷酸多样性、杂合度和Watterson θ）较为相似。爱尔兰种群略高的Tajima’s D值，以及相较于瑞典在爱尔兰和英国种群中升高的F_ROH，可能是近期种群数量下降在基因组层面出现的早期迹象。我们鉴定出了一些受局部选择影响的候选基因。这些基因可能参与代谢过程和免疫反应，并可能与不同的迁徙行为及环境条件相关。我们发现，在种群数量缩减之后，种群衰退的基因组效应可能存在一段延迟，因而不会立即被检测到。我们还表明，高度迁徙的物种在生态相关性状上也可能表现出分化，而这种分化可能由较高的地点忠诚性所驱动。这些发现值得在迁地保护规划及更广泛的保护策略中予以考虑。

了解当代种群数量下降如何影响受威胁物种的基因组多样性与结构，对于制定有效的保护措施至关重要。欧亚杓鹬（*Numenius arquata*）在整个欧洲正经历严重的种群衰退，其中爱尔兰的情况尤为严峻，40年来种群数量下降幅度超过90%。基因组数据正日益被纳入政策制定，并通过估算遗传多样性、遗传分化、近交、有效种群大小和适应性分化来评估保护状况。然而，目前关于杓鹬的此类数据十分匮乏，北欧和西北欧繁殖种群之间的种群结构仍不明确。为此，我们对分布于爱尔兰、英国和瑞典的56只杓鹬开展了全基因组重测序。爱尔兰和英国种群之间的种群间分化极小，但二者与瑞典种群均存在显著分化。这一点从主成分分析、群体混合分析和F_ST分析中均可观察到。各群体的遗传多样性指标（核苷酸多样性、杂合度和Watterson θ）相近。爱尔兰种群略高的Tajima’s D值，以及相较于瑞典种群，爱尔兰和英国种群较高的F_ROH值，可能是近期种群数量下降在基因组层面留下的早期迹象。我们鉴定出了一些受到局部选择的候选基因。这些基因可能参与代谢过程和免疫应答，并可能与不同的迁徙行为及环境条件相关。我们发现，在种群数量收缩之后，种群衰退的基因组效应可能存在一段滞后期，因而不会立即被检测到。我们还表明，高度迁徙的物种在具有生态学意义的性状上也可能表现出分化，而这种分化可能受到较高栖息地忠诚度的驱动。这些发现应在迁地规划及更广泛的保护策略制定中予以考虑。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.25.746821v1?rss=1

🏷️ 欧亚杓鹬 群体基因组学 遗传多样性 种群结构 局部适应与选择信号 迁徙鸟类保护