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基于遗传信息的保护对于确保干预措施能够惠及目标种群至关重要。对于珊瑚而言，保护遗传多样性并准确鉴定物种，是开展有性繁殖的关键。尽管目前已有多种物种鉴定和种内变异测量方法，但如何获取并分析分子数据，以快速而有依据地决定亲本选择并确保子代质量，仍然面临挑战。在此，我们提出了一种资源高效的种内遗传谱系分析新方法，其核心是靶向超保守元件（ultra-conserved elements，UCEs）周围的扩展基因组区域。通过依据简约信息量对位点进行排序，并将位点窗口大小设定为UCE上游和下游各5000 bp，我们筛选出500个与UCE相关的位点。这些位点能够准确解析物种间的系统发育关系，并以与全基因组数据集相当的准确度评估种内变异，同时兼顾了较低的资源需求。我们利用六种鹿角珊瑚的现有群体基因组学数据对该方法进行了验证，包括Acropora hyacinthus、Acropora tersa、Acropora pectinata、Acropora sp. “VI-3”、Acropora kenti和Acropora cf. spathulata。由UCE子集构建的系统发育关系与基于完整数据构建的系统发育关系一致。目标基因组区域具有适中的数量和长度，在分辨率与测序投入之间实现了平衡；因此，本研究为利用Oxford Nanopore Technologies等实时长读长测序仪开发快速、可扩展且经济高效的工作流程提供了概念验证。该方法具有广泛的应用潜力，可用于支持分类学不确定性较为常见的类群开展遗传评估，从而提高实验框架和保护决策的可靠性。
基于遗传信息的保护对于确保干预措施能够惠及目标种群至关重要。对于珊瑚而言，保护遗传多样性并准确鉴定物种是开展有性繁殖的关键。尽管目前存在多种物种鉴定和种内变异测量方法，但如何获取并分析分子数据，以便快速且有依据地做出亲本选择和子代质量保障决策，仍然面临挑战。本文提出了一种通过靶向超保守元件（ultra-conserved elements，UCEs）周围的延伸基因组区域，实现资源高效的种内遗传谱系分析的新方法。通过依据简约法信息性对位点进行排序，并将位点窗口大小设定为UCE上游和下游各不小于5000 bp，我们鉴定出一个包含500个UCE相关位点的子集。该位点子集能够准确解析物种间的系统发育关系，并以与全基因组数据集相当的准确度评估种内变异，同时显著降低数据需求。本方法利用六种鹿角珊瑚的现有人群基因组数据进行了验证，包括Acropora hyacinthus、Acropora tersa、Acropora pectinata、Acropora sp. “VI-3”、Acropora kenti和Acropora cf. spathulata。由UCE子集构建的系统发育关系与基于完整数据构建的系统发育关系一致。目标基因组区域具有适中的数量和长度，在分辨率与测序工作量之间实现了平衡。本研究为利用Oxford Nanopore Technologies等实时长读长测序平台，开发快速、可扩展且具有成本效益的工作流程提供了概念验证。这一方法具有广泛的应用潜力，可用于支持分类学不确定性较为普遍的不同类群中的遗传评估，从而提高实验设计和保护决策的可靠性。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.25.743606v1?rss=1
🏷️ 超保守元件 物种鉴定 种内遗传多样性 群体基因组学 珊瑚保护遗传学