CRISPR敲除与干扰的比较性单细胞图谱揭示了功能基因组学中不同技术模式的特异性优势

结合单细胞RNA测序的混合CRISPR筛选可实现对基因调控网络的高通量功能解析，然而，对CRISPR敲除（CRISPRko）与CRISPR干扰（CRISPRi）的系统性比较仍然有限。我们建立了一种单细胞CRISPRko工作流程，并使用87条靶向29个未折叠蛋白反应基因的sgRNA，将其与CRISPRi进行了基准比较。CRISPRko产生的转录表型与CRISPRi表现出高度一致性，并诱导了可比的通路水平响应。尽管CRISPRi能够直接评估靶基因的抑制效应，CRISPRko则为完全功能缺失研究提供了一种有效的互补方法，从而扩展了单细胞功能基因组学的工具箱。

结合单细胞RNA测序的混合CRISPR筛选可实现对基因调控网络的高通量功能解析，然而，对CRISPR敲除（CRISPRko）与CRISPR干扰（CRISPRi）的系统性比较仍然有限。我们建立了一种单细胞CRISPRko工作流程，并使用87条针对29个未折叠蛋白反应基因的sgRNA将其与CRISPRi进行了基准比较。CRISPRko产生的转录表型与CRISPRi高度一致，并诱导了可比的通路水平响应。尽管CRISPRi能够直接评估靶基因的抑制作用，CRISPRko为完全功能缺失研究提供了一种有效的互补方法，从而扩展了单细胞功能基因组学的工具箱。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.26.747303v1?rss=1

🏷️ CRISPR敲除 CRISPR干扰 单细胞RNA测序 功能基因组学 未折叠蛋白反应