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背景：肽类癌症疫苗能够诱导抗原特异性免疫，但外周免疫原性往往不能转化为持久的肿瘤控制。 方法：我们分析了三个公开的人类肽疫苗队列的转录组学谱：C1/GSE278476，为MUC1联合Poly-ICLC的PBMC RNA-seq队列，具有有序的抗MUC1 IgG应答类别；C2/GSE85698，为与TARP ELISpot应答相关的制备树突状细胞疫苗样本；C3/GSE53922，为去势抵抗性前列腺癌个体化肽疫苗治疗后与总生存相关的基线PBMC表达队列。预先指定的基因模块以标准化均值评分进行汇总，并采用与终点相适应的队列层面模型进行检验，同时在家族内实施FDR控制。 结果：在C1中，基线免疫就绪状态呈有利关联（beta=0.301，p=0.0072，q=0.093；置换检验p=0.0088），且在C3中与更长生存相关（HR=0.662，95% CI 0.532-0.823，p=0.000206，q=0.00126）。基线红系/炎症拖累在C1中呈相反方向（beta=-0.258，p=0.031，q=0.202；置换检验p=0.0324），并在C3中与较差生存相关（HR=1.390，95% CI 1.181-1.636，p=0.0000755，q=0.000982）。在C2中，强ELISpot应答者表现出较低的耐受性/髓系树突状细胞产品状态表达（19个重点基因中有8个q背景：肽类癌症疫苗能够诱导抗原特异性免疫，但外周免疫原性往往不能转化为持久的肿瘤控制。
方法：我们分析了三个公开的人类肽疫苗队列中的转录组谱：C1/GSE278476，为MUC1联合Poly-ICLC的PBMC RNA-seq队列，具有有序的抗MUC1 IgG应答类别；C2/GSE85698，为与TARP ELISpot应答相关的制备树突状细胞疫苗样本；C3/GSE53922，为在去势抵抗性前列腺癌个体化肽疫苗治疗后与总生存相关的基线PBMC表达。预先设定的基因模块以标准化均值评分进行汇总，并采用与终点相适配的队列水平模型进行检验，同时在家族内进行FDR控制。
结果：基线免疫准备状态在C1中表现为有利因素（beta=0.301，p=0.0072，q=0.093；置换检验p=0.0088），并且在C3中与更长生存相关（HR=0.662，95% CI 0.532-0.823，p=0.000206，q=0.00126）。基线红系/炎症拖累在C1中呈相反方向（beta=-0.258，p=0.031，q=0.202；置换检验p=0.0324），并且在C3中与较差生存相关（HR=1.390，95% CI 1.181-1.636，p=0.0000755，q=0.000982）。在C2中，强ELISpot应答者表现出更低的耐受性/髓系树突状细胞产品状态表达（19个重点基因中有8个q
结论：公开的肽疫苗转录组数据支持一种与阶段相关的模型，其中宿主准备状态、红系/炎症拖累、树突状细胞产品状态以及早期启动构成了可测量的、与应答相关的层面。这些回顾性队列并不能确立因果关系、生物标志物地位、临床实用性或持久的肿瘤控制。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.21.746349v1?rss=1
🏷️ 肽类癌症疫苗 转录组学 免疫应答 PBMC 树突状细胞 生物标志物