为指导种子健康检测而对甜玉米中高原小麦花叶病毒进行深度测序，揭示其全部八个基因组片段均存在多种变异体及两种主要分离物类型

高平原小麦花叶病毒（High Plains wheat mosaic virus, HPWMoV）是一种感染小麦和玉米的病毒，因其可能通过种子传播而成为植物检疫关注对象。近期的植物检疫限制要求，某些国家进口甜玉米种子批次前必须检测确认不含HPWMoV。为指导设计更高灵敏度且覆盖范围更广的诊断引物，以用于种子健康检测和植物检疫认证，我们对采自太平洋西北地区两个主要甜玉米制种区——哥伦比亚盆地（Columbia Basin）和特雷热谷（Treasure Valley）——田间的HPWMoV阳性组织进行了深度测序。 在Illumina测序前进行类病毒颗粒富集，使得所测序的21个HPWMoV分离物获得了近乎完整的基因组覆盖度（>95%）。对病毒8个基因组节段进行从头组装后发现，每个节段均具有较高水平的多样性，每条RNA至少鉴定出2种变异体，而RNA3、RNA6和RNA8则各鉴定出3种变异体。在每个样本内部，通常每个RNA节段仅存在1种变异体，显著的例外是RNA3，据此我们将各分离物归类为所命名的A型和B型分离物。除1个此前已测序的HPWMoV分离物外，其余分离物均可归入这两种类型。 有2个样本在每条RNA上均包含至少2种变异体，总计17个基因组节段，这可能代表A型与B型分离物的共侵染。尽管存在这种变异性，我们仍成功设计了两套用于逆转录-定量聚合酶链式反应（RT-qPCR）的引物和探针，并在双重诊断检测中检出了所测试的全部20个分离物，使该检测方法适用于HPWMoV的种子健康检测。

高平原小麦花叶病毒（High Plains wheat mosaic virus, HPWMoV）是一种感染小麦和玉米的病毒，因其具有经种子传播的潜力而在植物检疫方面受到关注。近期的植物检疫限制要求甜玉米种子批次在进口至某些国家之前，必须检测确认不带有HPWMoV。为指导设计更敏感且覆盖范围更广的诊断引物，用于种子健康检测和植物检疫认证，我们对采自太平洋西北地区两个主要甜玉米制种区——哥伦比亚盆地和宝藏谷——田间的HPWMoV阳性组织进行了深度测序。在Illumina测序之前进行类病毒颗粒富集，使得所测序的21个HPWMoV分离物获得了近乎完整的基因组覆盖度（>95%）。

对病毒8个基因组RNA片段进行从头组装显示，每个片段均具有较高水平的多样性，每条RNA至少鉴定出2种变异型，其中RNA3、RNA6和RNA8各鉴定出3种变异型。在每个样品内，通常每个RNA片段仅存在1种变异型，显著的例外是RNA3，据此我们将各分离物归类为A型和B型分离物。除1个之外，所有此前已测序的HPWMoV分离物均可归入这两种类型。两个样品在每条RNA上均包含至少2种变异型，总计17个基因组片段，这可能代表A型和B型分离物的共感染。

尽管存在这种变异性，我们仍成功设计了两套用于逆转录定量聚合酶链式反应（RT-qPCR）的引物和探针，在双重诊断检测中能够检出所测试的全部20个分离物，因此该检测方法适用于HPWMoV的种子健康检测。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.25.746265v1?rss=1

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