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体外寄生螨虫瓦螨（Varroa destructor）是人工饲养蜜蜂面临的主要威胁，也是将基因组尺度方法应用于非模式生物的一个检验案例，而这些方法几乎无一例外都依赖于从直系同源关系进行推断。我们重建了首个针对瓦螨的全基因组蛋白质相互作用网络（7,080种蛋白质，335,914个相互作用），其模块化结构较保持度分布的零模型高出368个标准差；然而，该网络中的每一条边均通过种间互作同源转移获得，每一个节点至少保守至真核生物层级。791个缺乏直系同源群的基因无一进入该网络——这是算术结果而非新的发现——但被排除的部分既庞大又具有一致性。 这一被排除部分包含3,161个基因（占蛋白质组的30.9%），其长度更短、注释也少于其余基因；一项不依赖注释的全基因组搜索在蜱螨基因组中检测到孤儿基因的比例为4.0%，而网络化基因则为70.4%。在携带直系同源信息的部分内部，可见性并非单调变化：蜱螨亚纲层级分箱（74.1%）反而低于节肢动物门层级分箱（89.9%）。 将相同逻辑应用于宿主比较可得到一个经过基准检验的误差：对于仅依据群组身份而被判定为在蜜蜂（Apis）中缺失的基因，其中67.4%可重新检出序列同源物——而打乱的零模型中该比例为零，在存在方向上则为1.3%——并且在面板偏倚最小的层级中升高至78.3%。这两个数值都是判定规则的属性：在设定身份一致性下限的条件下，两种误差方向在约34%一致性附近交叉；若不先固定判定标准，就不能断言直系同源推断在哪个方向上出错。宿主分化可分解为基因缺失和残基水平替换，分别落在上述两个部分之中。由此可进一步导出一幅对蜜蜂影响较小的靶点图谱。
外寄生螨虫瓦螨（Varroa destructor）是受管理蜜蜂面临的首要威胁，也是将基因组尺度方法应用于非模式生物的一个检验案例，而这些方法几乎无一例外都依赖于从直系同源关系进行推断。我们重建了首个瓦螨的全基因组蛋白互作网络（7,080种蛋白质，335,914个相互作用），其模块化结构比保持度分布不变的零模型高出368个标准差；然而，该网络中的每一条边都由互作直系同源关系转移得到，每一个节点至少保守至真核生物层级。791个缺乏直系同源群的基因无一进入该网络——这是算术结果而非新的发现——但被排除的部分规模庞大且内部一致。
这一被排除部分包含3,161个基因（占蛋白质组的30.9%），其长度更短、注释程度低于其余基因；一项不依赖注释的全基因组搜索在蜱螨基因组中检测到孤儿基因的比例为4.0%，而在网络化基因中该比例为70.4%。在具有直系同源关系的部分内部，可见性并非单调变化：螨亚纲层级分箱（74.1%）低于节肢动物门层级分箱（89.9%）。
将同样的逻辑应用于与宿主的比较，会得到一个经基准校验的误差：对于仅依据群组身份而被判定为在蜜蜂（Apis）中缺失的基因，其中67.4%能够重新找回序列同源物——而在打乱的零模型中这一比例为零，在存在方向上的比例为1.3%；在面板偏倚最小的层级中，这一比例上升至78.3%。这两个数值都是判定规则本身的性质：在设定同一性下限的条件下，两种误差方向在约34%同一性附近交叉；若不先固定判定标准，就不能断言直系同源推断在任一方向上出错。
宿主分化可分解为基因缺失与残基水平替换，分别落入上述两个部分。由此可进一步构建一个对蜜蜂危害较小的靶标图谱，作为更广泛的应用意义。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.20.745999v1?rss=1
🏷️ 瓦螨 直系同源转移 蛋白质相互作用网络 非模式生物 宿主基因缺失误判 比较基因组学