宿主生态环境影响猕猴在不同人为栖息地中肠道微生物组的分类多样性与功能保守性

野生动物物种的肠道微生物组对人为干扰的响应存在差异，即使是在受扰动程度相似的景观中也是如此。造成这种差异的驱动因素尚不明确：它究竟反映的是人为暴露本身，还是宿主之间更广泛的生态差异。我们利用生态特征形成鲜明对比的三种猕猴——帽猕猴、恒河猴和狮尾猕猴——对这一问题进行了检验。这些样本采集自印度南部12个在人为暴露程度上差异显著的地点，采用16S rRNA基因测序（n = 127）并对部分样本进行了宏基因组鸟枪法测序。 两种城市适应型物种表现出相近幅度的微生物组重构，但驱动这些变化的分类群并不相同；三种物种之间没有共享的差异丰度扩增子序列变体，这表明共同的人为暴露并未在不同宿主中产生一致的微生物响应。生态专化的狮尾猕猴表现出更为广泛的响应，其特征是多样性降低以及具有系统发育结构的群落组成变化。在同域共存期间，帽猕猴与恒河猴之间的微生物相似性高于其与狮尾猕猴之间的相似性。 尽管分类组成发生了分化，但功能通路结构在不同物种和栖息地之间总体上保持保守，仅在包括维生素B6生物合成和发酵在内的部分通路上出现选择性变化。总体而言，这些发现表明，微生物组对人为环境的响应是由生态背景和宿主生态共同塑造的，其中宿主在食性、栖息地利用和生态历史方面的差异会影响微生物重构的幅度和性质。这些结果还表明，在人为压力下，分类多样性与功能潜力作为部分解耦的两个维度作出响应，这对于评估生态异质性野生动物中微生物组的韧性具有重要意义。

野生动物物种对人为干扰的肠道微生物组响应存在差异，即使是在受扰动程度相似的景观中也是如此。造成这种差异的驱动因素尚不明确：它究竟反映的是人为暴露本身，还是宿主之间更广泛的生态差异。我们利用三种生态特征形成鲜明对比的猕猴物种——冠猕猴、恒河猴和狮尾猕猴——对这一问题进行了检验。这些样本采自印度南部12个具有不同人为暴露水平的地点，采用16S rRNA基因测序（n = 127），并对部分样本进行了鸟枪法宏基因组测序。两种城市适应性物种表现出幅度相似的微生物组重构，但支撑这些变化的分类群并不相同；在所有三个物种中，没有任何差异丰度的扩增子序列变体是共同存在的，这表明共同的人为暴露并不会在不同宿主间产生一致的微生物响应。作为生态专化物种的狮尾猕猴表现出更广泛的响应，其特征为多样性降低以及具有系统发育结构的群落组成变化。冠猕猴在同域共存期间与恒河猴的微生物相似性高于其与狮尾猕猴之间的相似性。尽管分类组成存在分化，不同物种和生境中的功能通路结构总体上保持广泛保守，仅在包括维生素B6生物合成和发酵在内的部分通路上出现选择性变化。总体而言，这些发现表明，微生物组对人为环境的响应是由生态背景和宿主生态共同塑造的，其中宿主在食性、生境利用和生态历史方面的差异会影响微生物重构的幅度和性质。这些结果表明，在人为压力下，分类多样性与功能潜力作为部分解耦的两个维度作出响应，这对于评估生态异质性野生动物中微生物组的韧性具有重要意义。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.24.746638v1?rss=1

🏷️ 肠道微生物组 猕猴 人为干扰 分类多样性 功能保守性 宏基因组测序