Foldseek-Interface 揭示了一个远未完整的蛋白质界面宇宙

蛋白质-蛋白质相互作用介导着极为广泛的细胞功能，这要求其具有多样的结合模式。尽管近年来人们已投入大量努力绘制并分类蛋白质结构宇宙，但对于在互作组尺度上评估和聚类这种界面结构多样性的方法，我们仍然缺乏可比的手段。在此，我们提出 Foldseek-Interface，这是一种将三维界面结构转换为可检索序列的方法，从而实现蛋白质相互作用界面的快速比对与聚类。该方法在保持与最先进工具相当准确性的同时，运行速度最高可快 230 倍。我们将其应用于 PDB 中所有生物学组装体，聚类出 310 万个二聚体，形成 77,167 个界面簇，并利用这一资源来表征界面多样性、进化及病原体拟态。将 Foldseek-Interface 应用于预测蛋白质复合物结构资源后，迅速揭示出若干疑似新型界面类型，值得进一步实验验证。Foldseek-Interface 及该界面簇资源可通过以下网页服务器免费获取：搜索 https://search.foldseek.com/interface 和浏览 https://interface.foldseek.com。

蛋白质-蛋白质相互作用介导着广泛的细胞功能，因此需要多样化的结合模式。尽管近年来人们已投入大量努力来绘制并分类蛋白质结构宇宙，但我们仍缺乏可在互作组尺度上评估并聚类界面结构多样性的类似方法。本文提出 Foldseek-Interface，一种将三维界面结构转换为可检索序列的方法，从而实现蛋白质相互作用界面的快速比对与聚类。该方法在运行速度上最高可比现有最先进工具快 230 倍，同时保持相当的准确性。将其应用于 PDB 中所有生物学组装体后，我们将 310 万个二聚体聚类为 77,167 个界面簇，并利用这一资源表征界面多样性、进化及病原体拟态。将 Foldseek-Interface 应用于预测蛋白质复合物结构资源后，迅速发现了可能的新型界面类型，值得进一步实验验证。Foldseek-Interface 及界面簇资源可通过以下网页服务器免费获取，搜索：https://search.foldseek.com/interface，浏览：https://interface.foldseek.com。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.24.746585v1?rss=1

🏷️ 蛋白质-蛋白质相互作用 界面聚类 结构比对 蛋白质复合物 界面多样性