巴雷特化生、异型增生和癌变中的转录组变化及生物标志物

食管腺癌（EAC）的五年生存率较低，且其发病率在所有癌症中增长最快之一。Barrett食管（BE）中异型增生的存在是EAC发生的主要风险因素，并指导临床管理。然而，目前对异型增生的组织病理学诊断可靠性不足，观察者之间一致性较差，这凸显了开发新型生物标志物以提高诊断准确性的必要性。 在本研究中，我们对85份样本中与BE相关肿瘤发生发展的完整谱系进行了转录组分析，以描绘疾病逐步恶化过程中基因表达的改变，并鉴定可补充组织病理学、从而提高内镜活检标本中异型增生和EAC检出能力的生物标志物。差异基因表达和通路分析显示，最广泛的转录变化发生于正常鳞状上皮（NSq）向非异型增生性BE（NDBE）转变过程中，这与化生性转化一致。与NDBE相比，异型增生的特征是细胞生长和增殖增强；而在EAC中则可见免疫过程上调及致癌信号通路激活。 采用机器学习方法，我们鉴定出一个新的五基因组合，可用于潜在的基于RNA测序的诊断检测（SLC11A1、IL36A、LUCAT1、MIR215、RNU6-954P），并在另外51份样本中对该特征进行了初步验证。我们还鉴定出若干可能值得进一步评估的新型免疫组织化学标志物，包括TREM1、CXCL5、OSM和胃动素。 总之，通过描绘整个疾病谱系中的转录变化，本研究鉴定出若干候选生物标志物，可用于改进当前Barrett食管异型增生和EAC的诊断方法。

食管腺癌（EAC）的五年生存率较低，且其发病率是所有癌症中增长最快的类型之一。巴雷特食管（BE）中异型增生的存在是EAC发生的主要风险因素，并指导临床管理。然而，当前对异型增生的组织病理学诊断并不可靠，观察者间一致性较差，这凸显了开发新型生物标志物以提高诊断准确性的必要性。在本研究中，我们对85份样本中与BE相关肿瘤发生发展的全谱系进行了转录组分析，以描绘疾病逐步恶化各阶段中的基因表达改变，并鉴定可补充组织病理学、从而提高内镜活检标本中异型增生和EAC检出率的生物标志物。

差异基因表达和通路分析显示，最广泛的转录变化发生于正常鳞状上皮（NSq）向无异型增生BE（NDBE）转变的过程中，这与化生性转化一致。与NDBE相比，异型增生的特征是细胞生长和增殖增强；在EAC中则可见免疫过程上调以及致癌信号通路激活。利用机器学习方法，我们鉴定出一个适用于潜在RNA测序基础诊断检测的新型五基因组合（SLC11A1、IL36A、LUCAT1、MIR215、RNU6-954P），并在另外51份样本中对该特征进行了初步验证。我们还鉴定出若干可能值得进一步评估的潜在新型免疫组织化学标志物，包括TREM1、CXCL5、OSM和胃动素。

总之，通过描绘整个疾病谱系中的转录变化，本研究鉴定出若干候选生物标志物，有望改进当前巴雷特食管异型增生和EAC的诊断方法。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.25.746910v1?rss=1

🏷️ 巴雷特食管 食管腺癌 转录组分析 生物标志物 机器学习 异型增生