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在许多生物信息学数据分析项目中,通过交互式 Web 应用或仪表板来可视化图表和结果是很方便的。这些交互式报告随后可以共享给客户、合作者或公众。发布和共享这些应用并非易事,尤其当项目和客户数量开始增长时,这一过程会变得格外繁琐。Docker 容器为交互式 Web 应用的打包、分发和运行提供了一种便捷方式,其使用在生物信息学界也已十分普遍。我们开发了 Kiosc,以简化容器化 Web 应用的编排,将其组织到项目中,并规范访问控制。我们将其实现为一个基于 Django 框架的 Web 服务器,具有对用户和管理员都友好的界面,以及用于程序化任务的 REST API。用户可以选择封装了 Plotly Dash、Shiny 或 Quarto 等应用的 Docker 容器,并对其进行配置,以展示其分析结果。Kiosc 以适当的网络配置运行这些容器,并作为代理转发容器内部运行的 Web 服务。5 年多来,我们一直维护着一个 Kiosc 实例,在多个机构的 150 个项目中提供了 321 个容器的服务。本文介绍了 Kiosc 的主要功能,并描述了四个用例,展示 Kiosc 如何为更广泛的生物信息学社区提供帮助,例如配置和运行用于工作流结果交互式可视化的 Web 应用,以及发布科学论文的配套应用。Kiosc 是一个用于发布 Web 应用的自托管平台,部署时不需要在 Docker 或网络管理方面具备高水平专业知识。它提供了与 Kubernetes 类似的服务,但具有便捷的 Web 界面和显著更低的管理开销。
在许多生物信息学数据分析项目中,通过交互式网络应用或仪表板来可视化图表和结果是很方便的。这些交互式报告随后可以与客户、合作者或公众共享。然而,这些应用的发布与共享并非易事,尤其是在项目和客户数量开始增长时,这一过程会变得格外繁琐。Docker 容器为交互式网络应用的打包、分发和运行提供了一种便捷方式,并且其使用已在生物信息学社区中广泛普及。我们开发了 Kiosc,以简化容器化网络应用的编排,将其组织到项目中,并规范访问控制。我们将其实现为一个基于 Django 框架的 Web 服务器,提供对用户和管理员均友好的界面,以及用于程序化任务的 REST API。用户可以选择封装了 Plotly Dash、Shiny 或 Quarto 等应用的 Docker 容器,并对其进行配置,以展示其分析结果。Kiosc 以适当的网络配置运行这些容器,并作为代理连接到容器内部运行的 Web 服务。五年多来,我们一直在维护一个 Kiosc 实例,为多个机构中的 150 个项目提供服务,共承载了 321 个容器。在本文中,我们介绍了 Kiosc 的主要功能,并描述了四个使用案例,展示了 Kiosc 如何为更广泛的生物信息学社区提供帮助,例如配置和运行用于工作流结果交互式可视化的 Web 应用,以及发布科学论文的配套应用。Kiosc 是一个用于发布 Web 应用的自托管平台,部署时不需要在 Docker 或网络管理方面具备深厚的专业知识。它提供了与 Kubernetes 类似的服务,但具有便捷的 Web 界面和显著更低的管理开销。
📄 原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.20.745983v1?rss=1
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