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环状RNA（circRNA）是一类新兴的RNA，具有作为生物标志物的潜力，但由于丰度较低，其在液体活检中的检测具有挑战性。我们开发了Ouro-seq，这是一种新型长读长测序方案，针对全长circRNA回收进行了优化。将其应用于尿液、宫颈癌患者的宫颈-阴道自采样本，以及肺癌患者和对照者的血浆后，Ouro-seq回收的circRNA分子数量较传统方法高出2–5倍，且长度显著更长。血浆中主要含有外显子来源的circRNA，而尿液和宫颈-阴道样本则以此前表征不足的基因间circRNA为主。我们还鉴定出广泛存在的可变环化和剪接事件。功能分析表明了不同的特化模式：外显子circRNA表现出更强的miRNA海绵作用潜能，而来源于未定位基因组支架的circRNA则显示出更高的肽编码能力。本研究确立了Ouro-seq作为一种有价值的工具，可用于低产量临床样本中circRNA的全面表征，并推动了对circRNA生物学的理解，具有潜在的生物标志物发现和疾病监测应用价值。 研究动机：尽管环状RNA（circRNA）仅占总RNA的一小部分，但其可能在癌症发生发展中发挥关键作用。circRNA的浓度通常过低，难以通过牛津纳米孔长读长测序（LRS）检测，尤其是在RNA含量有限的样本中，例如液体活检。因此，基于LRS的液体活检circRNA分析仍未得到探索。为克服这些技术限制，我们开发了一种优化的circRNA富集方法，利用短扩增子抑制策略，实现了对尿液、血浆和宫颈-阴道样本中circRNA的分析。
环状RNA（circRNA）是一类新兴的RNA，具有作为生物标志物的潜力，但由于其丰度较低，在液体活检中的检测具有挑战性。我们开发了Ouro-seq，这是一种新型长读长测序方案，针对全长circRNA回收进行了优化。将其应用于尿液、宫颈癌患者的宫颈-阴道自采样本，以及肺癌患者和对照者的血浆后，Ouro-seq回收的circRNA分子数量比传统方法多2–5倍，且长度显著更长。血浆中主要含有外显子来源的circRNA，而尿液和宫颈-阴道样本则以此前表征不足的基因间circRNA为主。我们还鉴定出广泛存在的可变环化和剪接事件。功能分析揭示了不同的特化模式：外显子circRNA表现出更强的miRNA海绵作用潜能，而来源于未定位基因组支架的circRNA则显示出更高的肽编码能力。本研究确立了Ouro-seq作为一种有价值的工具，可用于低产量临床样本中circRNA的全面表征，并推动了对circRNA生物学的理解，同时在生物标志物发现和疾病监测方面具有潜在应用价值。
研究动机尽管环状RNA（circRNA）仅占总RNA中的一小部分，但其可能在癌症发生发展中发挥关键作用。circRNA浓度通常过低，难以通过牛津纳米孔长读长测序（LRS）进行检测，尤其是在RNA含量有限的样本中，如液体活检。因此，基于LRS的液体活检circRNA分析仍未得到探索。为克服这些技术限制，我们开发了一种优化的circRNA富集方法，利用短扩增子抑制策略，实现了对尿液、血浆和宫颈-阴道样本中circRNA的分析。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.14.744779v1?rss=1
🏷️ 环状RNA 长读长测序 液体活检 生物标志物 RNA富集 可变剪接