通过 soniCLIP 鉴定经典与非经典 RNA 结合蛋白的 RNA 靶标

交联与免疫沉淀联合测序（CLIP-seq）被广泛用于鉴定RNA结合蛋白（RBP）的RNA靶标。然而，对于缺乏经典RNA结合结构域且常表现出较低或瞬时RNA占据的非经典RBP，其应用受到低信噪比、高起始投入需求以及文库制备过程中易出错的连接步骤的限制。为克服这些局限性，我们开发了soniCLIP，这是一种简化的CLIP-seq工作流程，以超声处理替代RNase介导的RNA片段化，并采用无连接的文库构建策略。soniCLIP经过优化，可从有限的起始材料中可重复地鉴定富集的RBP相关RNA区域。我们将soniCLIP与广泛使用的eCLIP方法进行了基准比较，观察到其能够可重复地回收已知的RBP相关区域，并且靶标回收效果与ENCODE eCLIP相当，而所需蛋白输入量仅为其10%（500微克）。我们进一步将soniCLIP应用于糖酵解酶以及非经典RBP丙酮酸激酶M2（PKM2）。我们鉴定出197个显著富集的RNA区域，并通过RIP-qRT-PCR和体外结合实验验证了部分靶标。通过结合降低的输入需求、高重复性、缩短至3.5天的流程以及去除基于凝胶的纯化步骤，soniCLIP为鉴定经典和非经典RBP的RNA靶标提供了一种高效且稳健的方法。

交联和免疫沉淀结合测序（CLIP-seq）被广泛用于鉴定RNA结合蛋白（RBP）的RNA靶标。然而，对于缺乏经典RNA结合结构域且常常表现出较低或瞬时RNA占据的非经典RBP，其应用受到多种因素限制，包括较低的信噪比、较高的起始样品需求，以及文库制备过程中易出错的连接步骤。

为克服这些局限性，我们开发了soniCLIP，这是一种简化的CLIP-seq工作流程，以超声代替RNase介导的RNA片段化，并采用无连接的文库构建策略。soniCLIP针对从有限起始材料中可重复鉴定富集的RBP相关RNA区域进行了优化。

我们将soniCLIP与广泛使用的eCLIP方法进行了基准比较，观察到其能够可重复地回收已知的RBP相关区域，且靶标回收效果与ENCODE eCLIP相当，同时仅需10%（500微克）的蛋白质输入量。

我们进一步将soniCLIP应用于糖酵解酶及非经典RBP丙酮酸激酶M2（PKM2）。我们鉴定出197个显著富集的RNA区域，并通过RIP-qRT-PCR和体外结合实验对部分靶标进行了验证。

通过结合更低的输入需求、高重复性、缩短至3.5天的流程以及省去基于凝胶的纯化步骤，soniCLIP为鉴定经典和非经典RBP的RNA靶标提供了一种高效且稳健的方法。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.17.745202v1?rss=1

🏷️ RNA结合蛋白 CLIP-seq soniCLIP 非经典RBP RNA靶标鉴定