Ori-Finder-Arch：用于古菌复制起始位点注释与可视化的更新版网络服务器

古菌是生物技术中极具潜力的底盘生物，而对其染色体复制起始位点（oriC）进行准确注释，是释放其全部应用潜力的关键。然而，现有的 Ori-Finder 2 网络服务器存在准确率低、速度慢以及可扩展性有限等问题。 在本研究中，我们提出了 Ori-Finder-Arch，这是一种更新的、用于古菌高性能 oriC 预测的网络服务器。该流程整合了基于 HMMER 的复制起始蛋白（RIP）注释、优化的共识基序识别以及基于 GC 图谱的 DNA 解链元件（DUE）检测。在由实验验证的 oriC 构成的基准数据集上，Ori-Finder-Arch 的召回率达到 95.6%，精确率达到 86.0%，显著优于 Ori-Finder 2（分别为 62.2% 和 63.6%）；同时，其运行速度提高了 4.75 倍，并支持多种组装层级。 当应用于现有古菌组装数据时，该工具成功注释了 17,472 个 oriC。与此同时，该网络服务器还提供了不同层级的交互式可视化功能。总之，Ori-Finder-Arch 为古菌 DNA 复制起始的深入研究及合成生物学应用提供了一个高效、准确且用户友好的平台，并可通过 https://tubic.org/Ori-Finder-Arch/ 和 https://tubic.tju.edu.cn/Ori-Finder-Arch/ 免费获取。

古菌是生物技术中极具潜力的底盘生物，而对其染色体复制起始位点（oriC）的准确注释是充分释放其潜力的关键。然而，现有的 Ori-Finder 2 网络服务器存在准确率低、速度慢以及可扩展性有限等问题。

在本研究中，我们提出了 Ori-Finder-Arch，这是一种用于古菌高性能 oriC 预测的更新版网络服务器。该流程整合了基于 HMMER 的复制起始蛋白（RIP）注释、优化的共有基序识别以及基于 GC 谱的 DNA 解链元件（DUE）检测。在由实验验证的 oriC 构成的基准数据集上，Ori-Finder-Arch 的召回率达到 95.6%，精确率达到 86.0%，显著优于 Ori-Finder 2（分别为 62.2% 和 63.6%）；同时其运行速度提高了 4.75 倍，并支持多种不同的组装水平。当应用于现有古菌组装数据时，该工具成功注释了 17,472 个 oriC。与此同时，该网络服务器还提供了不同层级的交互式可视化功能。

总之，Ori-Finder-Arch 为古菌 DNA 复制起始的深入研究和合成生物学应用提供了一个高效、准确且用户友好的平台，并可通过 https://tubic.org/Ori-Finder-Arch/ 和 https://tubic.tju.edu.cn/Ori-Finder-Arch/ 免费获取。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.15.744077v1?rss=1

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