阿片受体在线粒体和转导因子背景下连接与重连的精确残基图谱

root 提交于 周四, 08/20/2026 - 16:47
阿片受体结构涵盖了四种人类受体亚型、多样化配体、信号转导伙伴以及实验构建体。我们整理了86个人类阿片受体结构,代表84个独立实验图谱;对于结构层面的推断,每一组唯一的实验数据仅计数一次,并使用我们内部开发的 StrucMind 平台对其进行分析。StrucMind 构建精确的 Ballesteros-Weinstein(BW)接触图,即将残基接触网络限定于无歧义的通用 BW 位点。与处于活性且结合转导因子的结构相比,被归类为非活性的结构显示出平均接触相似性降低2.49%,并且重连接触增加34.84%;其中,重连是指两个结构之间获得或丢失的静态接触集合。在77个已解析出所选配体位点的图谱中,发生变化的接触中有15.28%直接位于该位点,40.13%在图中与该位点相邻一个边距离,44.59%则为连接远端,即在有限图距离上大于1的位置。对已沉积水分子的分析识别出137个受体邻近水分子。其中,61个与至少两个蛋白质残基发生接触,包括38个桥联了至少两个精确 BW 残基;另有一个独立的配体接触分支包含10个同时接触所选配体和受体的水分子,其中仅有3个属于上述38个水分子集合。32项组分关联检验中,没有任何一项在全局校正后仍然显著。对于肽类配体与小分子配体的比较,在四个结果指标中,名义上最小的 p 值对应于共享接触距离均方根偏差降低6.18%(p=0.00989;q=0.3165,其中 q 为校正后的 p 值)。该图谱支持的是有界且可检验的假设,而非关于组分、溶剂化或效能机制的因果性解释。

阿片受体结构涵盖四种人类受体亚型、多样化配体、信号转导伙伴以及实验构建体。我们整理了86个人类阿片受体结构,代表84个独立的实验图谱;对于结构层面的推断,每个唯一实验数据集仅计数一次,并使用我们自研的 StrucMind 平台对其进行了分析。StrucMind 构建精确的 Ballesteros-Weinstein(BW)接触图,即将残基接触网络限制于无歧义的通用 BW 位点。相对于活性转导子结合结构,被归类为非活性的结构显示出平均接触相似性降低2.49%,且重连接触增加34.84%;其中,重连是指两个结构之间获得或丢失的接触的静态集合。在77个已解析所选配体位点的图谱中,发生变化的接触中有15.28%直接位于该位点,40.13%与该位点在图中相邻一个边距离,44.59%则为连接远端,即在有限图距离上大于一的位置。

对已存储水分子的分析鉴定出137个受体邻近水分子。其中,61个与至少两个蛋白残基接触,包括38个桥连至少两个精确 BW 残基的水分子;另有一个独立的配体接触分支包含10个同时接触所选配体与受体的水分子,其中仅有3个属于上述38个水分子集合。32项组分关联检验中,没有任何一项在全局校正后仍具有统计学显著性。对于肽类配体与小分子配体的比较,四个结果中名义上最小的 p 值对应于共享接触距离均方根偏差降低6.18%(p=0.00989;q=0.3165,其中 q 为校正后的 p 值)。该图谱支持有界且可检验的假设,而不支持关于组分、水合或效能机制的因果性解释。


📄 原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.14.744957v1?rss=1

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