卵巢癌驱动转录因子PAX8的立体选择性共价抑制剂

转录因子仍然是最具挑战性的治疗靶点之一，部分原因在于其缺乏明确界定的、可被配体结合的结合口袋。我们最近表明，转录因子中异常高反应性的半胱氨酸可以被亲电性小分子直接靶向，从而诱导选择性的转录因子去稳定化和降解。在此，我们将这一策略扩展至谱系决定性的致癌转录因子 PAX8——其是卵巢癌的关键驱动因子。通过针对内源性 HiBiT 标记的 PAX8 报告系统，对一个包含 3,000 余种半胱氨酸反应性化合物的化学多样性文库进行筛选，我们鉴定出一种亚砜基氮杂环丙烷化学型，其可选择性降低 PAX8 的丰度。构效关系和立体化学分析显示出高度的对映选择性和非对映选择性活性，并由此确定 KL6-159A 为先导化合物。定量蛋白质组学表明 PAX8 发生了选择性丢失，而细胞热转移分析和化学蛋白质组学分析则证实 PAX8 在半胱氨酸 C57 位点发生了直接共价结合。C57 突变完全消除了 KL6-159A 诱导的 PAX8 耗竭，表明该残基对于化合物活性是必需的。转录组分析显示，PAX8 转录程序受到广泛抑制，其中 FOXM1 作为下调最显著的调控网络出现，同时还有众多已确立的 PAX8 靶基因被下调。总体而言，这些研究确立了对 PAX8 的直接共价结合、转录抑制及去稳定化，并进一步证明了共价化学蛋白质组学方法在针对既往难以成药的转录因子开展药物开发方面的普适性。

转录因子仍然是最具挑战性的治疗靶点之一，部分原因在于其缺乏明确界定的、可被配体结合的结合口袋。我们近期表明，转录因子中异常高反应性的半胱氨酸可以被亲电性小分子直接靶向，从而诱导选择性的转录因子失稳与降解。在此，我们将这一策略扩展至谱系决定性的致癌转录因子PAX8——其是卵巢癌的关键驱动因子。针对内源性HiBiT标记的PAX8报告系统，对一个包含3,000余种半胱氨酸反应性化合物的化学多样性文库进行筛选后，我们鉴定出一种亚磺酰基氮杂环丙烷化学型，其可选择性降低PAX8丰度。构效关系和立体化学分析显示出高度的对映选择性和非对映选择性活性，并据此确定KL6-159A为先导化合物。定量蛋白质组学表明PAX8发生了选择性丢失，而细胞热转移分析和化学蛋白质组学分析证实PAX8在半胱氨酸C57位点发生了直接共价结合。C57突变可完全消除KL6-159A诱导的PAX8耗竭，表明该残基对化合物活性至关重要。转录组学分析揭示了PAX8转录程序的广泛抑制，其中FOXM1作为下调最显著的调控网络出现，并伴随众多已知PAX8靶基因的下调。总体而言，这些研究确立了对PAX8的直接共价结合、转录抑制和失稳作用，并进一步证明了共价化学蛋白质组学方法在靶向既往难以成药的转录因子方面的普适性。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.15.745031v1?rss=1

🏷️ 卵巢癌 PAX8 共价抑制剂 转录因子降解 化学蛋白质组学 立体选择性