- 4 次围观
肾细胞癌（RCC）是免疫浸润程度最高的实体肿瘤之一，但只有一小部分患者能够从免疫检查点阻断治疗中获得持久应答。为表征负责治疗应答的免疫微环境和分子调控因子，相关研究已利用分区化的基因组学、转录组学和蛋白质组学数据集，从疾病生物学的诸多层面进行了探索，获得了许多重要但依赖于特定背景和数据的见解。因此，为了以更整合的方法为未来精准医学策略提供依据，我们结合多种技术平台的互补优势，对65例RCC患者具有空间注释的多区域手术生物样本进行了系统分析，所采用的方法包括单细胞RNA测序及配对的TCR和BCR库分析、成像质谱流式细胞术、悬浮质谱流式细胞术、空间转录组学以及去卷积的bulk RNA测序。借助这一资源性数据集，我们通过整合单细胞和空间模态中转录本与蛋白质的分析，探索了患者亚群及精准免疫治疗策略。 通过邻近细胞相互作用和不同受体-配体配对的鉴定，我们识别出7种复现性出现的细胞通讯网络。通过在不同技术平台之间，并结合多种公开可用数据集，对可重复的基因特征进行稳健映射，我们表明这些高度精细化的免疫亚群能够对患者进行分层，其肿瘤微环境与预后及免疫治疗应答相关。值得注意的是，这揭示出具有免疫治疗应答潜力的高度浸润性微环境实际上可能由两种不同的通讯网络构成，它们具有不同的T细胞克隆扩增模式，以及分别与T细胞耗竭或髓系细胞和NK细胞重编程相关的免疫逃逸轴，这可为制定靶向性联合治疗策略、改善临床结局提供依据。总体而言，我们提供了一个高维多模态资源性数据集，可实现跨平台整合，将T细胞克隆扩增的不同阶段与促进性或抑制性的RCC免疫细胞通讯网络联系起来，并提出了合理的联合精准免疫治疗策略。
肾细胞癌（RCC）是免疫浸润程度最高的实体肿瘤之一，但只有少数患者能够从免疫检查点阻断治疗中获得持久应答。为表征负责治疗应答的免疫微环境及其分子调控因子，既往研究利用分区式基因组学、转录组学和蛋白质组学数据集，从疾病生物学的多个层面进行了探索，获得了许多重要但受限于具体背景和数据类型的见解。因此，为了以更综合的方法为未来精准医学策略提供依据，我们结合多种技术平台的互补优势，对65例RCC患者具有空间注释的多区域手术生物样本进行了分析，所采用的方法包括配对TCR和BCR受体库分析的单细胞RNA测序、成像质谱流式、悬液质谱流式、空间转录组学以及去卷积的批量RNA测序。
利用这一资源型数据集，我们通过整合单细胞和空间模态中的转录本与蛋白质分析，探索了患者亚群及精准免疫治疗策略。近邻细胞相互作用和不同的受体-配体配对鉴定出7个复现性较高的细胞通讯网络。通过在不同技术平台之间以及在多种公开可用数据集中稳健映射可重复的基因特征，我们表明这些高度精细化的免疫亚群能够对具有不同预后和免疫治疗应答相关肿瘤微环境的患者进行分层。值得注意的是，研究揭示，具有免疫治疗应答潜力的高度浸润微环境实际上可能由两种不同的通讯网络构成，它们分别对应不同的T细胞克隆扩增模式，以及与T细胞耗竭或髓系细胞和NK细胞重编程相关的免疫逃逸轴，这些发现可为制定靶向联合治疗策略以改善临床结局提供依据。总体而言，我们提供了一个高维多模态资源型数据集，可实现跨平台整合，揭示T细胞克隆扩增阶段与促进性或抑制性RCC免疫细胞通讯网络之间的联系，并提出了合理的联合精准免疫治疗策略。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.17.744644v1?rss=1
🏷️ 肾细胞癌 肿瘤免疫微环境 细胞通讯网络 单细胞测序 空间转录组 精准免疫治疗