- 3 次围观
酪氨酸激酶信号传导对于多细胞生物中细胞的发育与稳态至关重要，而其一项主要的生化作用是驱动磷酸化酪氨酸（pY）与含SH2结构域蛋白之间的相互作用。该组装过程对于决定细胞结局极为重要，因此人们采用了多种实验和计算方法来理解哪些SH2-pY相互作用会发生；然而，鉴于人类蛋白质组中规模极其庞大（超过45,000个pY位点和120个SH2结构域），这仍然是一项挑战。基于由全面接触图谱所提示的生物物理约束，我们在此探讨：是否可以首先判断pY序列是否符合SH2结构域识别的共享规则，并通过开发一种结合多样化训练数据的分类方法来实现这一点。广泛的验证表明，这一方法SpY-C能够将pY位点分类为具有或不具有参与SH2结构域相互作用潜力的位点。我们发现，一个相对较小的代表性SH2结合位点集合，若整合自不同的实验技术，便可实现良好的分类效果。我们利用该分类器对人类磷酸化蛋白质组及个体实验进行注释，探究使用super-SH2结构域试剂进行pY富集的影响，并分析突变在改变pY位点功能中的效应。SpY-C为更快速地注释pY功能提供了有益的一步，并有望改进那些聚焦于特定SH2-pY相互作用、且以下游初步分类方法为基础的机器学习方法。
磷酸肽序列约束的监督学习实现对 SH2 结构域结合的全局预测 | bioRxiv
跳转至主要内容 首页 关于 投稿 提醒 / RSS 搜索该关键词 高级搜索 新结果
磷酸肽序列约束的监督学习实现对 SH2 结构域结合的全局预测
Alekhya Kandoor， Anny Carolline Silva Oliveira， Kazuya Machida， Blagoy Blagoev， Kristen M. Naegle
doi： https://doi.org/10.64898/2026.08.18.744962
Alekhya Kandoor 1 弗吉尼亚大学； 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可协议 提供。
返回顶部 上一项 下一项
发布于 2026 年 8 月 19 日。
下载 PDF 补充材料 数据/代码 电子邮件
您的电子邮件 *
您的姓名 *
发送至 *
请输入多个地址，每行一个，或用逗号分隔。
您将通过电子邮件发送以下内容 《磷酸肽序列约束的监督学习实现对 SH2 结构域结合的全局预测》
消息主题 （您的姓名）已从 bioRxiv 转发一个页面给您
消息正文 （您的姓名）认为您会希望查看 bioRxiv 网站上的此页面。
您的个人消息
验证码
此问题用于测试您是否为人工访客，并防止自动垃圾信息提交。
分享
《磷酸肽序列约束的监督学习实现对 SH2 结构域结合的全局预测》 Alekhya Kandoor， Anny Carolline Silva Oliveira， Kazuya Machida， Blagoy Blagoev， Kristen M. Naegle
bioRxiv 2026.08.18.744962； doi： https://doi.org/10.64898/2026.08.18.744962
分享本文： 复制
引文工具
《磷酸肽序列约束的监督学习实现对 SH2 结构域结合的全局预测》 Alekhya Kandoor， Anny Carolline Silva Oliveira， Kazuya Machida， Blagoy Blagoev， Kristen M. Naegle
bioRxiv 2026.08.18.744962； doi： https://doi.org/10.64898/2026.08.18.744962
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.18.744962v1?rss=1
🏷️ SH2结构域 磷酸酪氨酸 监督学习 蛋白质相互作用预测 磷酸化蛋白质组