nf-sarcopipe实现了对与骨骼肌适应相关的运动响应性miRNA及miRNA/mRNA调控网络的整合性发现

骨骼肌能够通过协调的分子与结构重塑过程，对运动等生理刺激进行动态适应。循环微小RNA（miRNA）是评估运动反应性和骨骼肌生理状态的有前景的无创生物标志物；然而，大多数分析框架仅依赖已注释的miRNA，而忽视了新的候选分子。在此，我们提出了 nf-sarcopipe，这是一种模块化的 Nextflow 流水线，整合了从头和参考引导的 miRNA 发现、转录组分析以及调控网络重建。 该流水线由三个相互补充的模块组成：1）预处理，2）miRNA 发现，3）靶标预测与 mRNA 整合。利用来自活跃和久坐年轻女性的公开可用数据集，该流水线鉴定出可重复的 miRNA 特征，并优先筛选出一小组具有结构支持的高置信度从头发现候选分子。此外，研究还纳入了从文献中汇编的既往报道的运动相关 miRNA，用于候选分子的比较评估。尽管可用数据集来源于不同组织，但考虑混杂因素的分析仍能够识别出与运动反应性相关的连贯转录特征。 整合性的 miRNA/mRNA 分析揭示了稳定一致的调控相互作用，将循环 miRNA（包括新发现的和已知的 miRNA）与免疫反应、细胞外基质重塑、自噬及骨骼肌适应相关通路联系起来。总体而言，这些结果确立了 nf-sarcopipe 作为一种稳健且可扩展的框架，可用于补充性 miRNA 发现，并用于研究与运动诱导的骨骼肌适应相关的调控机制。

骨骼肌能够通过协调一致的分子与结构重塑过程，对运动等生理刺激进行动态适应。循环微小RNA（miRNA）是表征运动反应性和骨骼肌生理状态的有前景的无创生物标志物；然而，大多数分析框架仅依赖已注释的miRNA，而忽视了新的候选分子。在此，我们提出了 nf-sarcopipe，这是一种模块化的 Nextflow 流水线，整合了从头发现与基于参考的 miRNA 鉴定、转录组分析以及调控网络重建。该流水线由三个相互补充的模块组成：1）预处理，2）miRNA 发现，3）靶标预测与 mRNA 整合。基于来自活跃和久坐年轻女性的公开可用数据集，该流水线鉴定出可重复的 miRNA 特征，并筛选出一小组具有结构支持的高置信度从头候选分子。此外，研究还纳入了文献中先前报道的运动相关 miRNA，以进行候选分子的比较评估。尽管所用数据集来源于不同组织，但对混杂因素加以考量的分析仍使得与运动反应性相关的连贯转录特征的识别成为可能。整合性的 miRNA/mRNA 分析揭示了一致的调控相互作用，将循环 miRNA（包括新发现的和已知的）与免疫反应、细胞外基质重塑、自噬以及骨骼肌适应相关的通路联系起来。综上，这些结果确立了 nf-sarcopipe 作为一种稳健且可扩展的框架，可用于补充性 miRNA 发现以及与运动诱导的骨骼肌适应相关的调控机制研究。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.12.744488v1?rss=1

🏷️ miRNA发现 骨骼肌适应 运动响应 miRNA-mRNA调控网络 Nextflow流水线 转录组整合分析