引导RNA结合会在RNA靶向CRISPR/Cas系统的RT-qPCR分析过程中诱导逆转录偏倚

靶向 RNA 的 CRISPR 系统通常通过 RT-qPCR 进行评估，但引导 RNA 的结合可能会干扰这些测量。我们表明，单独的 crRNA 即可产生表观上的敲低效应，而并不降低目标 RNA 的丰度；相比之下，RNA 测序则不受此偏倚影响，并能够揭示与引导 RNA 相关的转录组扰动。在逆转录之前加入一个简单的 RNA 变性步骤，可恢复 RT-qPCR 定量的准确性，从而为靶向 RNA 的 CRISPR 分析和引导设计提供了实用指导。

靶向 RNA 的 CRISPR 系统通常通过 RT-qPCR 进行评估，但向导 RNA 的结合会干扰这些测量。我们表明，单独的 crRNA 即可产生表观敲低效应，而不会降低靶 RNA 的丰度；相比之下，RNA 测序则保持无偏，并揭示了与向导相关的转录组扰动。在逆转录之前加入一个简单的 RNA 变性步骤即可恢复 RT-qPCR 定量的准确性，从而为靶向 RNA 的 CRISPR 分析和向导设计提供了实用指导。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.16.745121v1?rss=1

🏷️ RNA靶向CRISPR RT-qPCR偏倚 crRNA结合 RNA测序 逆转录干扰 引导RNA设计