通过原位条形码延伸实现单细胞分辨率的空间微RNA图谱分析

转录后调控的空间组织是组织生物学中的一个基础性但又难以获取的层面。微小RNA（miRNA）是转录后调控中的关键性小RNA，但由于其长度较短，现有空间分析技术难以对其进行检测，因而在空间转录组学中基本未被充分探索。在此，我们介绍miR-Space，这是一种可在组织内直接将单个miRNA转化为延长且具有唯一条形码的分子的方法，从而能够通过原位测序实现其空间检测。在30张小鼠和人脑切片中，miR-Space实现了高多重miRNA分析，达到单分子和单细胞分辨率，可与mRNA进行联合分析，并可在自动化Xenium平台上实施。miR-Space基于空间miRNA表达解析了主要解剖区域和细胞群体，鉴定出可重复的细胞相关miRNA特征，并揭示了多种miRNA此前未知的空间与细胞分布。综上，这些能力确立了miR-Space作为将miRNA整合进空间转录组学的一个框架，从而能够在解剖学和单细胞分辨率上开展空间miRNomics研究。

转录后调控的空间组织是组织生物学中一个基础但又难以解析的层面。微小RNA（miRNA）是一类在转录后调控中发挥关键作用的小RNA，但其较短的长度使其无法被空间分析技术所覆盖，因而在空间转录组学中基本未得到探索。在此，我们介绍miR-Space，一种可直接在组织中将单个miRNA转化为延长且带有唯一条形码分子的方法，从而能够通过原位测序对其进行空间检测。在30个小鼠和人脑切片中，miR-Space实现了单分子和单细胞分辨率下的高多重miRNA分析、与mRNA的联合分析，以及在自动化Xenium平台上的应用。miR-Space基于空间miRNA表达解析出主要解剖区域和细胞群体，鉴定出可重复的细胞相关miRNA特征，并揭示了多种miRNA此前未知的空间分布和细胞分布。综上，这些能力确立了miR-Space作为将miRNA整合入空间转录组学的一个框架，从而实现了解剖学和单细胞分辨率下的空间miRNA组学。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.12.744364v1?rss=1

🏷️ 空间转录组学 微RNA 原位测序 单细胞分辨率 脑组织图谱