支持 GPU 的 Python 版 scDblFinder

高通量单细胞测序为表征细胞并对数百至数百万个细胞的基因表达进行谱系分析提供了一种可扩展的解决方案。然而，这一过程会产生双细胞（doublets），从而可能导致基于数据得出的结论不准确。 因此，研究人员开发了多种软件包以帮助准确检测双细胞，尤其是 scDblFinder 已被证明在单细胞（RNA）测序数据中的双细胞检测方面优于其他替代方法。然而，由于其采用 R 语言实现，其在 Python 社区中的采用程度相对有限。 在此，我们提出了 scDblFinderPy，这是 scDblFinder R 方法的 Python 实现，并表明其能够获得相近的性能。此外，我们还为其加入了可选的 GPU 支持，从而进一步加快了处理过程。

高通量单细胞测序为细胞表征和对数百至数百万个细胞进行基因表达谱分析提供了一种可扩展的解决方案。然而，这一过程会产生双细胞（doublets），从而可能导致基于数据得出的结论不准确。因此，研究人员已开发出多种软件包以帮助准确检测双细胞，特别是 scDblFinder 已被证明在单细胞（RNA）测序数据中的双细胞检测方面优于其他替代方法。然而，由于其以 R 语言实现，其在 Python 社区中的应用较为有限。本文提出了 scDblFinderPy，这是 scDblFinder R 方法的 Python 实现，并表明其可获得相近的性能。此外，我们在其中加入了可选的 GPU 支持，从而进一步加快了处理过程。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.12.744148v1?rss=1

🏷️ 单细胞RNA测序 双细胞检测 scDblFinderPy GPU加速 Python实现