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抗微生物药物耐药性（AMR）持续对非洲构成重大公共卫生威胁，然而现有监测数据在私人、公共及学术来源之间仍高度碎片化。本研究通过整合多个独立数据库的数据，并利用交互式地理信息系统（GIS）仪表板进行可视化，分析了全非洲范围内AMR监测模式。研究目标是构建一个综合性证据基础，以突出显示非洲范围内的耐药模式、监测差异、报告缺口以及改进AMR监测的机会。 数据汇编自多个主要的私营AMR监测项目，包括 Pfizer 的 ATLAS、GSK 的 SOAR、Johnson & Johnson 的 DREAM、Venatorx 的 GEARS 以及 Shionogi 的 SIDERO-WT，覆盖2004—2022年。纳入的公共数据集包括世界卫生组织全球抗微生物药物耐药性和使用监测系统（GLASS）以及 Fleming Fund 的抗微生物药物耐药性与抗微生物药物使用伙伴关系制图项目（MAAP）2016—2020年的数据，同时还纳入了2010—2024年间开展并发表的AMR研究。各数据集经过协调统一，在保留贡献数据集原始结构的同时，对关键变量进行了对齐，包括细菌物种、分离株标识符、检测抗生素、监测来源、地理位置以及分类AMR结局。 研究使用 R Shiny 开发了交互式仪表板，以支持对耐药模式、时间趋势、物种分布及国家层面监测覆盖情况的空间可视化和动态分析探索。采用了包括均值、标准差、中位数、四分位距（IQR）、频数分布、基尼系数、香农熵、赫芬达尔—赫希曼指数（HHI）以及洛伦兹曲线在内的描述性分析方法，以评估不同监测系统中国家层面AMR报告的不平等性和集中程度。 综合分析显示，非洲AMR监测报告存在显著异质性和集中化现象，反映出各国在监测强度、实验室基础设施、报告系统及诊断能力方面存在重大差异。私营数据集表现出更广泛的抗生素检测谱和更长的时间覆盖范围，而公共数据集在国家参与度及病原体—抗生素代表性方面则存在明显缺口。已发表的AMR研究还进一步揭示了正式监测数据库中缺失的重要监测信息。 通过整合多来源的AMR证据，本研究表明，交互式GIS仪表板作为探索性且可更新的监测支持工具，能够提升对碎片化AMR数据集的可见性，识别监测差异，支持对耐药趋势进行基于地理信息的解读，并加强未来非洲范围内AMR监测协调一致化的工作。
抗微生物药物耐药性（AMR）持续对非洲构成重大公共卫生威胁，然而现有监测数据在私人、公共和学术来源之间仍然高度碎片化。本研究通过整合多个相互独立数据库中的数据集，并利用交互式地理信息系统（GIS）仪表板进行可视化分析，对全非洲范围内的AMR监测模式进行了研究。研究目标是构建一个综合性的证据基础，以突出显示非洲范围内的耐药模式、监测差异、报告缺口以及改进AMR监测的潜在机会。
数据汇编自多个主要的私人AMR监测项目，包括Pfizer的ATLAS、GSK的SOAR、Johnson & Johnson的DREAM、Venatorx的GEARS以及Shionogi的SIDERO-WT，涵盖2004—2022年。公共数据集则纳入了世界卫生组织全球抗微生物药物耐药性和使用监测系统（GLASS）以及Fleming Fund的抗微生物药物耐药性与抗微生物药物使用映射伙伴关系（MAAP）在2016—2020年的数据，同时还纳入了2010—2024年间开展并发表的AMR研究。各数据集经过协调统一，以对齐关键变量，包括细菌物种、分离株标识符、检测抗生素、监测来源、地理位置和分类AMR结局，同时保留各贡献数据集的原始结构。
采用R Shiny开发了交互式仪表板，以支持对耐药模式、时间趋势、物种分布和国家层面监测覆盖情况进行空间可视化和动态分析探索。采用描述性分析方法，包括均值、标准差、中位数、四分位距（IQR）、频数分布、基尼系数、香农熵、赫芬达尔—赫希曼指数（HHI）和洛伦兹曲线，以评估不同监测系统中国家层面AMR报告的不平等性和集中度。
综合分析显示，非洲AMR监测报告存在显著的异质性和集中性，反映出各国在监测强度、实验室基础设施、报告系统和诊断能力方面存在重大差异。私人数据集展示出更广泛的抗生素检测面板和更长的时间覆盖范围，而公共数据集则在国家参与和病原体—抗生素代表性方面存在明显缺口。已发表的AMR研究还进一步揭示了正式监测数据库中缺失的重要监测信息。
通过整合多来源的AMR证据，本研究表明，交互式GIS仪表板作为探索性和可更新的监测支持工具，能够提升碎片化AMR数据集的可见性，识别监测差异，支持基于地理信息的耐药趋势解释，并加强未来非洲范围内AMR监测协调统一的工作。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.09.743821v1?rss=1
🏷️ 抗微生物药物耐药性 GIS仪表板 非洲监测差异 数据整合 空间可视化 公共卫生监测