SILCS引导的特征编码扩展了HBV核心蛋白界面的配体识别

乙型肝炎病毒（HBV）感染依赖于衣壳组装与病毒粒子产生的协调进行。HBV核心蛋白二聚体内界面处的一个疏水口袋已被证实与分泌表型相关，并显示能够结合小分子，但其相互作用图谱仍缺乏明确界定。在本研究中，我们结合全原子分子动力学（MD）模拟、片段映射、药效团建模以及生物物理结合测定，对该口袋进行表征，并鉴定出结合模式超出已知口袋范围的配体。 该流程将一个初始约470万个化合物的文库逐步缩小至8个候选化合物，用于通过饱和转移差（STD）核磁共振（NMR）和表面等离子体共振（SPR）进行实验评估。在这8个化合物中，化合物B3表现出可检测的STD NMR信号、呈浓度依赖性的SPR结合，以及一种由MD支持的结合模式：其在保留对疏水口袋锚定作用的同时，还向靠近刺突的环区延伸。综上，这些结果表明，动态片段映射能够识别与蛋白质界面口袋中更广泛相互作用图谱发生作用的配体候选物。

乙型肝炎病毒（HBV）感染依赖于衣壳组装与病毒粒子产生的协调进行。HBV核心蛋白二聚体内界面处的一个疏水口袋已被证明与分泌表型相关，并且能够结合小分子，但其相互作用图谱仍未得到充分界定。在本研究中，我们结合全原子分子动力学（MD）模拟、片段映射、药效团建模和生物物理结合测定，对该口袋进行表征，并鉴定出结合模式超出已知口袋范围的配体。

该工作流程将一个约含470万个化合物的初始文库缩小至8个候选化合物，并通过饱和转移差（STD）核磁共振（NMR）和表面等离子体共振（SPR）进行实验评估。在这8个化合物中，化合物B3表现出可检测的STD NMR信号、呈浓度依赖性的SPR结合，以及一种经MD支持的结合模式；该模式在保留对疏水口袋锚定作用的同时，还向靠近刺突的环区延伸。综上，这些结果表明，动态片段映射能够识别与蛋白质界面口袋更广泛相互作用图谱发生作用的配体候选物。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.16.745131v1?rss=1

🏷️ 乙肝病毒 核心蛋白 分子动力学 片段映射 配体识别 药效团建模